Scikit-Learn 的 Pipeline：传递了一个稀疏矩阵，但需要密集数据答案

【问题标题】：Scikit-Learn's Pipeline: A sparse matrix was passed, but dense data is requiredScikit-Learn 的 Pipeline：传递了一个稀疏矩阵，但需要密集数据
【发布时间】：2015-04-07 17:04:36
【问题描述】：

我发现很难理解如何修复我创建的管道（阅读：主要从教程中粘贴）。这是python 3.4.2：

df = pd.DataFrame
df = DataFrame.from_records(train)

test = [blah1, blah2, blah3]

pipeline = Pipeline([('vectorizer', CountVectorizer()), ('classifier', RandomForestClassifier())])

pipeline.fit(numpy.asarray(df[0]), numpy.asarray(df[1]))
predicted = pipeline.predict(test)

当我运行它时，我得到：

TypeError: A sparse matrix was passed, but dense data is required. Use X.toarray() to convert to a dense numpy array.

这是给pipeline.fit(numpy.asarray(df[0]), numpy.asarray(df[1]))这一行的。

我已经通过 numpy、scipy 等尝试了很多解决方案，但我仍然不知道如何解决它。是的，以前也出现过类似的问题，但不是在管道中。我必须在哪里申请toarray 或todense？

【问题讨论】：

标签： python numpy pandas scikit-learn

【解决方案1】：

使用此管道添加 TfidTransformer plus

        pipelinEx = Pipeline([('bow',vectorizer),
                           ('tfidf',TfidfTransformer()),
                           ('to_dense', DenseTransformer()), 
                           ('classifier',classifier)])

上面的第一行，以稀疏矩阵形式获取文档的字数。但是，在实践中，您可能会使用 TfidfTransformer 在一组新的未见过文档上计算 tfidf 分数。然后，通过调用 tfidf transformer.transform(vectorizer)，您最终将计算文档的 tf-idf 分数。在内部，这是计算 tf * idf 乘法，其中词频由其 idf 值加权。

【讨论】：

【解决方案2】：

最简洁的解决方案是使用FunctionTransformer 转换为密集：这将自动实现fit、transform 和fit_transform 方法，如David 的回答。此外，如果我的管道步骤不需要特殊名称，我喜欢使用 sklearn.pipeline.make_pipeline 便利功能来启用更简约的语言来描述模型：

from sklearn.preprocessing import FunctionTransformer

pipeline = make_pipeline(
     CountVectorizer(), 
     FunctionTransformer(lambda x: x.todense(), accept_sparse=True), 
     RandomForestClassifier()
)

【讨论】：

我刚试过这个，看到FunctionTransformer的accept_sparse参数。您需要将其设置为True。
对于和我一样使用@maxymoo 解决方案的你们，可以导入FunctionTransformer from sklearn.preprocessing import FunctionTransformer
添加 FunctionTransformer 时出现错误：AttributeError: Can't pickle local object 'main large.<locals>.<lambda>' pipeline。有关如何修复它的任何提示？
@guido 使用 dill 而不是 pickle
@Guido 我猜你正试图在一些交叉验证/网格搜索中使用管道。在引擎盖下，管道被腌制了，问题是lambda 函数不能被腌制。因此，您必须将lambda 功能提取到常规函数def to_dense(x): 并使用它来代替lambda。

【解决方案3】：

不幸的是，这两者是不相容的。 CountVectorizer 产生一个稀疏矩阵，而 RandomForestClassifier 需要一个密集矩阵。可以使用X.todense() 进行转换。这样做会大大增加您的内存占用。

以下是基于http://zacstewart.com/2014/08/05/pipelines-of-featureunions-of-pipelines.html 执行此操作的示例代码，它允许您在管道阶段调用.todense()。

class DenseTransformer(TransformerMixin):

    def fit(self, X, y=None, **fit_params):
        return self

    def transform(self, X, y=None, **fit_params):
        return X.todense()

拥有DenseTransformer 后，您可以将其添加为管道步骤。

pipeline = Pipeline([
     ('vectorizer', CountVectorizer()), 
     ('to_dense', DenseTransformer()), 
     ('classifier', RandomForestClassifier())
])

另一种选择是使用适用于稀疏数据的分类器，例如LinearSVC。

from sklearn.svm import LinearSVC
pipeline = Pipeline([('vectorizer', CountVectorizer()), ('classifier', LinearSVC())])

【讨论】：

非常感谢！我正在尝试不同的分类器，部分是为了学习，部分是为了找到最有效的分类器。说实话，就我而言，多项式 NB 获得了迄今为止最好的结果。我将尝试您的代码，非常感谢您提供详尽的答案。
听起来很有趣。 RandomForest 适用于密集的数字数据。我发现它不能很好地扩展稀疏文本功能。如果您确实想在文本上尝试它，您可以尝试先添加一个特征选择阶段。这有时可以很好地工作。我最喜欢的文本是使用 loss='modified_huber' 或 loss='log' 的 LinearSVC 和 SGDClassifier。
使用 SGD 的基于 clasifer 的词性标注应用程序要使用哪些参数？

【解决方案4】：

0.16-dev 中的随机森林现在接受稀疏数据。

【讨论】：

【解决方案5】：

您可以使用.values 方法将pandas Series 更改为数组。

pipeline.fit(df[0].values, df[1].values)

但是我认为这里的问题发生是因为CountVectorizer() 默认返回一个稀疏矩阵，并且不能通过管道传输到 RF 分类器。 CountVectorizer() 确实有一个 dtype 参数来指定返回数组的类型。也就是说，通常您需要进行某种降维才能使用随机森林进行文本分类，因为词袋特征向量非常长

【讨论】：

我明白了，非常感谢，现在说得通了。我尝试为你投票，但我的声望不够？