通过迭代行来交换脚本中的行[关闭]答案

【问题标题】：Swap lines in a script by iteration over lines [closed]通过迭代行来交换脚本中的行[关闭]
【发布时间】：2015-07-01 14:16:08
【问题描述】：

这是我的文件：

>ref
AAAAAAA
>seq1
BBBBBBB
>ref
AAAAAAA
>seq2
CCCCCCC
>ref
AAAAAAA
>seq3
DDDDDDD
...

这是我想要的：

>seq1
AAAAAAA
>ref
BBBBBBB
>seq2
AAAAAAA
>ref
CCCCCCC
>seq3
AAAAAAA
>ref
DDDDDDD
...

因此，将第 1 行与第 3 行交换，将第 5 行与第 7 行交换，将第 9 行与第 11 行交换，等等。任何关于我如何做到这一点的建议（在 bash、perl 或 python 中）将不胜感激！ :)

【问题讨论】：

1) 选择一种语言 2) 展示你目前的尝试
您必须为我们提供一个最小的工作示例。这也有助于我们了解您为解决问题所做的努力。 :)
使用awk 是小菜一碟。在伪代码中，您可以使用 awk 'if line contains ">ref" {store line header; next line; store line content; next line; next line; print ">ref"; print current line; print stored line header; print stored line content}'
哇哇哇，对不起，我没有说到目前为止我已经尝试过什么！我用 Vim 打开了我的文件，然后做了:1m3|1m2|5m7|5m6|9m11|9m10，但是对于一个长文件来说，这样做有点像噩梦！所以这就是为什么我想到了另一个脚本。 @ShellFish，我明白了，但是我对 awk 还不够熟悉，无法吃这个“小菜一碟”；）
在 vim 中录制一个宏，并根据需要执行多次。谷歌宏 vim，它是一个救生员

标签： python bash perl swap fasta

【解决方案1】：

从命令行使用 perl，

perl -ne 'push @r, $_; print(@r[2,1,0,3]), @r=() if @r==4 or eof' file

【讨论】：

【解决方案2】：

这是python 2.7

在这里，您逐行浏览输入文件。如果该行是ref，它将用带有运行编号的seq 替换它。其他线路保持不变。

fo = open("input.txt", "r")
calc = 1
ref = "ref"
seq = "seq"

for lines in fo:
    lines = lines.strip()
    if "ref" in lines:
        lines = seq + str(calc)
        calc = int(calc) +1 
        print lines
    elif "seq" in lines:
        print ref
    else:
         print lines

输出：

seq1
AAAAAAA
ref
BBBBBBB
seq2
AAAAAAA
ref
CCCCCCC
seq3
AAAAAAA
ref
DDDDDDD

【讨论】：