如何在 Python 中读取 16Uint 图像

Question

我有一张医疗 16 未签名 jpeg 图像，我需要在 python 中读取它。 对于我的项目，这些图像只能用 mathlab 读取我需要读取它的实际像素值，并且需要对这些值进行一些数学运算。 您可以在以下链接中找到图片

https://drive.google.com/file/d/0B4l5GiM7kBXraDEyMXdseENfUlE/edit?usp=sharing

当我被要求在 mathlab 中获取图像信息时，会出现以下描述。

i = imfinfo('di.jpg')

i = 

       Filename: [1x56 char]
    FileModDate: '14-Jul-2014 15:22:13'
       FileSize: 1044064
         Format: 'jpg'
  FormatVersion: ''
          Width: 1024
         Height: 1024
       BitDepth: 16
      ColorType: 'grayscale'
FormatSignature: ''
NumberOfSamples: 1
   CodingMethod: 'Huffman'
  CodingProcess: 'Lossless'
        Comment: {'Created by AccuSoft Corp.'}

我已经使用 matplotlib、opencv、scikitImage、scipy、medpy、PIL 库在 python 中读取这个图像。 我无法阅读这些类型的图片。

当我在 python 中使用时，出现以下错误 代码： 导入图片 img = Image.open('di.jpg') 打印（图片）

raise IOError("cannot identify image file")
IOError: cannot identify image file

请帮忙解决我的问题

Answer 1

这似乎与How we can read 16 un signed integer(16 uint) jpeg files in python 重复

我在https://drive.google.com/file/d/0B4l5GiM7kBXraDEyMXdseENfUlE/edit?usp=sharing 看过您的图片。可以明确的是，它是一张采用霍夫曼编码的 16 位灰度无损 JPEG 图像。但是，对于无损编码，至少有：

• JPEG 无损（罕见，旧）
• JPEG-LS（非常少见，不太老）
• JPEG2000（更新）

有关这些的更多信息，请参阅：http://en.wikipedia.org/wiki/Lossless_JPEG

cel 在他们的评论中提到的GDCM 库使用CharLS 库来读取JPEG-LS。这个库确实有 Python 绑定，但不幸的是拒绝加载图像，因为它不是 JPEG-LS 文件。 （但是，YMMV，请参阅下面malat 的评论。）

我还尝试查询ImageMagick的identify，它提供了更多信息：

identify.im6: Unsupported JPEG process: SOF type 0xc3 `/tmp/di.jpg' @ error/jpeg.c/JPEGErrorHandler/316.

现在 SOF 类型在 JPEG 中很重要。错误消息表明有问题的文件是“JPEG 无损”文件。 （这可能是因为它采用了霍夫曼编码。）令人讨厌的是，这种文件中使用的编码方案与标准 JPEG 完全不同，标准 JPEG 库不支持它。

似乎有两个至少两个支持文件格式的开源库：

• IJG 的 JPEG 库版本 6b（旧！）打了一个特殊补丁
• Thomas Richter 的 LibJPEG：https://github.com/thorfdbg/libjpeg

我尝试了后者，它的命令行工具确实识别了该文件并将其解码为更有用的东西（灰度 PPM 文件）。

因此，这至少提供了一种路线。您必须编译并安装该库，然后为其创建必要的 Python 绑定。或者，您可以将命令行工具用作外部转换工具并使用例如subprocess 运行它们。最佳方法取决于您的平台。