是否可以通过 python sys 模块运行 MAFFT答案

【问题标题】：Is it possible to run MAFFT through python sys module是否可以通过 python sys 模块运行 MAFFT
【发布时间】：2020-08-22 01:24:47
【问题描述】：

是否可以通过 Python sys.argv 模块运行诸如“mafft_exe”、“in_file”之类的 MAFFT 命令？

【问题讨论】：

标签： python command line sys

【解决方案1】：

我并不完全清楚你在问什么，但根据你提供的有限上下文，我假设你正在使用 biopython 之类的东西作为 MAFFT 的包装器，并且你正在尝试改变传递给MafftCommandline 类的某些参数。

在biopython docs 中，MAFFT 可执行包装器的调用方式如下：

mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)

Python 的参数处理模块是sys.argv。它是一个列表，您可以通过数字索引访问它的参数。

因此，假设您想从命令行将某些值传递给 MAFFT 包装类，您可以这样做：

import sys
from Bio.Align.Applications import MafftCommandline

# Replace with actual binary location, or implement it as an arg
MAFFT_EXE_LOCATION = "/opt/local/mafft"

def other_code(mafft):
    # Do other stuff with mafft here, now that it's configured
    pass


def invoke_mafft(input_filename):
    mafft_cline = MafftCommandline(MAFFT_EXE, input=input_file)
    other_code(mafft_cline)

if __name__ == '__main__':
    try:
        input_filename = sys.argv[1]
        invoke_mafft(input_filename)
    except IndexError:
        print("USAGE: {} <in_file>".format(sys.argv[0]))

这只是一个起点。你最终在课堂上做什么取决于你。

【讨论】：