将dada2安装到通过condas安装的R版本中

Question

我有一个通过 condas 安装了 R 的环境（我目前将 R 与 jupyter notebook 一起使用，所以这在某一点上是有意义的）。我想在这个版本的 R 中使用dada2。

根据这个网站https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2，实现这一点的正确命令是

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2 

这给了我以下错误

获取包元数据...... 解决包装规格：.

UnsatisfiableError：发现以下规格在 冲突： - bioconductor-dada2 -> bioconductor-biostrings >=2.32.1 -> bioconductor-biocgenerics >=0.15.6 -> r 3.3.1* -> r-base 3.3.1 - r-glue 使用“conda info”查看每个包的依赖关系。

如果我运行 conda info package r-glue，我可以看到它依赖于 r-base 3.4.1。

同样行不通的替代方法：

我也尝试进入 R 并从那里安装，但我无法使用 R 包安装任何包

 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
 biocLite("dada2")

给我一​​个很长的输出，但短处是一堆依赖返回错误

错误：包“RcppParallel”编译失败 *删除'/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/RcppParallel'错误：依赖'S4Vectors'不适用于包'IRanges' * 删除“/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/IRanges”错误：依赖项“S4Vectors”、“IRanges”、“matrixStats”不可用 对于包'DelayedArray'

然后是更多的东西，最后

错误：依赖项“Biostrings”、“ShortRead”、“RcppParallel”不适用于包“dada2” * 删除'/home/jacob/anaconda3/lib/R/library/dada2'

下载的源码包在 ‘/tmp/Rtmptx8OqE/downloaded_pa​​ckages’ 更新包的 HTML 索引 在 '.Library' 制作 'packages.html' ...完成 旧包：'curl'， 'dplyr'，'外国'，'避风港'，'httpuv'，'mgcv'，'purrr'，'Rcpp'， 'TTR'、'xts' 更新全部/部分/无？ [a/s/n]：

然后所有更新也失败了。

正确的答案是不要尝试在 R 中将dada2 与 condas 一起使用，而只是使用 R 的 condas 独立版本，还是有一些我遗漏的方法？

我在 ubuntu linux 16.04 和 conda 3.2.23 上运行 R 版本 3.4.1 值得。

Answer 1

我发现将我的 R 版本降级到 3.3.1 似乎可以解决问题。 为此，我首先删除了 R

 conda remove r

检查以确保与 conda list 一起使用

然后我重新安装了旧版本的 r conda install r==3.3.1

跟着dada2

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2 

这很有效。最后我添加了 r-essentials（我特别需要它来让 jupyter notebook 工作）

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2 

这样，一切似乎都按预期工作。

Answer 2

我也在这个问题上苦苦挣扎。在参与了 github 问题中包含的一些讨论后，我了解到您的频道顺序实际上需要与 bioconductor 频道文档建议的不同。将此作为我的 .condarc 用于我安装 dada2 的环境解决了问题。

.condarc

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

如果它对任何人有帮助，你可以看这里：https://github.com/abalter/dada2-tools