从 Prefuse 图中删除节点答案

【问题标题】：Removing nodes from a Prefuse graph从 Prefuse 图中删除节点
【发布时间】：2012-05-31 10:27:12
【问题描述】：

我正在尝试创建一个动态更新的 Prefuse 图，其中会定期添加和删除节点。我已经能够很好地添加节点和边，然后删除它们，但是当我尝试将边添加到下一组节点时出现异常。有谁知道从 Prefuse 图中删除节点的任何陷阱？或者，有谁知道动态与 Prefuse 图交互的更好方法？

（请注意，显示更新正常；显示似乎始终与图表的内容匹配。这不是 Prefuse Toolkit: dynamically adding nodes and edges 的欺骗）

代码摘录：

// Set up edge and node tables
Schema node_schema = new Schema();
Schema edge_schema = new Schema();
node_schema.addColumn("node_info", NodeInfo.class);
edge_schema.addColumn("source", int.class, 0);
edge_schema.addColumn("target", int.class, 0);
edge_schema.addColumn("edge_info", EdgeInfo.class);
graph_nodes = node_schema.instantiate();
graph_edges = edge_schema.instantiate();

...

// Set up visualization
graph = new Graph(graph_nodes, graph_edges, false);
vis_panel = new MyVisPanel(graph);

...

// Add nodes & edges
int new_node_1 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_1, "node_info", new NodeInfo());
int new_node_2 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_2, "node_info", new NodeInfo());
int new_edge = graph_edges.addRow();
graph_edges.set(new_edge, "target", new_node_1);
graph_edges.set(new_edge, "source", new_node_2);

... 

// Remove nodes
TupleSet nodes = graph.getNodes();
Iterator iter = nodes.tuples(my_predicate);
while(iter.hasNext())
{
    int row_to_delete = ((Tuple) iter.next()).getRow();
    if(graph.removeNode(row_to_delete))
    {
        System.out.println("Removed row " + row_to_delete);
    }
}

...

// Add nodes & edges again
int new_node_1 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_1, "node_info", new NodeInfo());
int new_node_2 = graph_nodes.addRow();
graph_nodes.set(new_node_2, "node_info", new NodeInfo());
int new_edge = graph_edges.addRow(); // <<-- Exception is thrown here
graph_edges.set(new_edge, "target", new_node_1);
graph_edges.set(new_edge, "source", new_node_2);

我得到的例外是：

java.lang.IllegalArgumentException: Row index out of bounds: -1
    at prefuse.data.column.IntColumn.getInt(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.getInt(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph.updateDegrees(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph.updateDegrees(Unknown Source)
    at prefuse.data.Graph$Listener.tableChanged(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.fireTableEvent(Unknown Source)
    at prefuse.data.Table.addRow(Unknown Source)
    at my_pkg.addSomeNodesFunction(my_code.java:99)

我没有使用标准的 Graph.addNode() 和 addEdge() 方法，因为这样设置边缘信息似乎更难。（如果有更好的方法，请告诉我！）删除成功，在删除节点后，graph.getNodeCount() 和 graph.getEdgeCount() 返回较小的数字。

有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： java graph prefuse

【解决方案1】：

经过更多调查，这似乎是 prefuse 中的一个小错误。对 addEdge 的调用首先将源和目标节点编号初始化为 0，然后图尝试更新其度数，如果节点 0 不存在，则更新失败。有关更多信息，请参阅他们的 SF 页面上的错误报告 3529747。

【讨论】：