R：将变量从 R 传递到 unix答案

【问题标题】：R: pass variable from R to unixR：将变量从 R 传递到 unix
【发布时间】：2016-01-27 01:18:27
【问题描述】：

我正在通过 bash 脚本运行 R 脚本，并希望将 R 脚本的输出返回到 bash 脚本以继续在那里使用它。

bash 是这样的：

#!/bin/bash
Rscript MYRScript.R
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R
do sth with a

R 脚本是这样的：

for(i in 1:5){
i
sink(type="message")
}

我希望 bash 当时使用来自 R 的一个变量，这意味着：bash 接收 i=1 并使用它，当该任务完成时，接收 i=2 等等。

有什么办法吗？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

一种选择是使用#!/usr/bin/env Rscript 使您的R 脚本可执行（设置可执行位；例如chmod 0755 myrscript.r、chmod +x myrscript.r 等...），然后像对待任何其他命令一样对待它，例如将结果分配给下面的数组变量：

myrscript.r

#!/usr/bin/env Rscript
cat(1:5, sep = "\n")

mybashscript.sh

#!/bin/bash
RES=($(./myrscript.r))
for elem in "${RES[@]}"
do
  echo elem is "${elem}"
done

nrussell$ ./mybashscript.sh
elem is 1
elem is 2
elem is 3
elem is 4
elem is 5

【讨论】：

【解决方案2】：

这里是 MYRScript.R：

for(iter in 1:5) {
  cat(iter, ' ')
}

这是你的bash 脚本：

#!/bin/bash

r_output=`Rscript ~/MYRscript.R`

for iter in `echo $r_output`
do
    echo Here is some output from R: $iter
done

Here is some output from R: 1
Here is some output from R: 2
Here is some output from R: 3
Here is some output from R: 4
Here is some output from R: 5

【讨论】：