PBS 上的 qsub 不提供输出答案

【问题标题】：qsub on PBS doesn't give outputPBS 上的 qsub 不提供输出
【发布时间】：2018-01-04 00:04:21
【问题描述】：

我正在尝试向 PBS 提交 python 作业并将打印的内容作为输出。一个简单的例子如下：

python 文件 test.py:

import time
print(time.time())

pbs提交文件job_test.pbs：

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=8,walltime=8:00:00
#PBS -N test
#PBS -q gpu

module load anaconda/3 torque cuda80 cudnn

cd /path-to-the-test.py-program
python test.py

最后是 qsub 命令：

qsub job_test.pbs

由于这项工作非常简单，我将使用 qstat 立即看到状态从 Q 变为 E 和 C。然后问题来了，我没有看到应该在 /path-to-the-test.py-program 中的输出文件。我尝试在 PBS 脚本中设置 #PBS -o /path-to-the-test.py-program/output.txt 并使用命令作为 qsub -o /path- to-the-test.py-program/output.txt job_test.pbs 但它们都不起作用。那么我该怎么做呢？

【问题讨论】：

标签： pbs qsub

【解决方案1】：

我以前遇到过这个。

我不太确定您是如何遇到问题的，但我的情况是我在节点之间没有免密码登录。

你可以这样检查：

ssh到你的计算节点，如果你需要密码，那么你的问题很可能和我的一样。
检查系统日志（如root），通常在/var/log/messages，然后找到类似

Apr 10 14:52:19 node1 pbs_mom: LOG_ERROR::sys_copy, command '/usr/bin/scp -rpB /var/spool/torque/spool/242.master.OU user@master:/home/user/path/to/sample.pbs.o242' failed with status=1, giving up after 4 attempts

关键是scp的失败。

检查/var/spool/torque/spool/--- 输出文件应该在那里。

所以如果你的情况和我的一模一样，你可以ssh-copy-id 到你的计算节点。在我的例子中，因为我们使用 NFS 驱动程序挂载了/home 目录，所以所有节点共享相同的/home，我只需要

ssh-keygen
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa localhost

希望我的回答有所帮助。

【讨论】：