在扭矩 pbs 中找不到睡眠命令，但在 shell 中有效答案

【问题标题】：sleep command not found in torque pbs but works in shell在扭矩 pbs 中找不到睡眠命令，但在 shell 中有效
【发布时间】：2014-02-10 11:21:18
【问题描述】：

我们创建一个扭矩 pbs 文件“testpbs”如下：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

sleep  20

然后提交文件testbps。

qsub testpbs

我们收到错误消息：

更多测试pbs.sh.err

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64.SC：第 9 行：睡眠：命令没找到

但是，我们在命令行中运行了 sleep 20。没有错误发生。

$sleep 20

提前致谢。

我们在 shell 中运行 echo $PATH 并得到以下结果：

回显 $PATH

/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin: /usr/sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin:/data/software/cufflinks-2.0.2 .Linux_x86_64:/home/amin/bin/blast-2.2.19:/root/bin:/home/amin/bin

我们使用 qstat -f jobid 来查看此作业的详细信息。

PBS_O_LOGNAME=amin，

PBS_O_PATH= /usr/lib64/qt-3.3/bin: /usr/local/sbin: /usr/local/bin: /sbin: /bin: /usr/sbin: /usr/bin: /sbin:/bin: /usr/sbin: /usr/bin: /usr/X11R6/bin: /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin: /data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64： /home/amin/bin/blast-2.2.19: /root/bin: /home/aimin/bin,

PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/root，

PBS_O_SHELL=/bin/bash，

PBS_O_LANG=en_US.UTF-8，

PBS_O_WORKDIR=/data/software/torque-4.2.6.1，

PBS_O_HOST=centos64，

PBS_O_SERVER=centos64

感谢 larsks 的大力帮助。以下作品：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

export PATH=$PBS_O_PATH
sleep  20

【问题讨论】：

标签： shell pbs torque

【解决方案1】：

尝试将sleep 替换为命令的完整路径（可能是/usr/bin/sleep），看看是否会改变行为。如果是这样，那么您的脚本在 Torque 下运行时，只是有一个不同的（或空的）$PATH 变量。

您可以 (a) 继续使用显式路径，或 (b) 在脚本中显式设置 $PATH，例如：

PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin

【讨论】：

谢谢。我们在 pbs 中尝试了 /bin/sleep 20。有用。我们在 pbs 中尝试了 echo $PATH。它仅显示 /home/amin/bin 。我们使用 qstat -f jobid 来查看此作业的详细信息。请查看我的置顶帖子的结尾部分。