我的 .Rprofile 中有一些便利功能，例如 handy function for returning the size of objects in memory。有时我喜欢在不重新启动的情况下清理我的工作区，我使用rm(list=ls()) 执行此操作，这会删除我所有用户创建的对象和我的自定义函数。我真的不想破坏我的自定义功能。
解决此问题的一种方法似乎是使用我的自定义函数创建一个包，以便我的函数最终位于它们自己的命名空间中。这不是特别难，但是有没有更简单的方法来确保自定义函数不会被 rm() 杀死？
【问题讨论】：
标签： r namespaces
将attach 和sys.source 组合到一个环境中并附加该环境。这里我在文件my_fun.R中有两个函数：
foo <- function(x) {
mean(x)
}
bar <- function(x) {
sd(x)
}
在我加载这些函数之前，显然没有找到：
> foo(1:10)
Error: could not find function "foo"
> bar(1:10)
Error: could not find function "bar"
创建一个环境并将文件导入其中：
> myEnv <- new.env()
> sys.source("my_fun.R", envir = myEnv)
仍然不可见，因为我们没有附加任何东西
> foo(1:10)
Error: could not find function "foo"
> bar(1:10)
Error: could not find function "bar"
当我们这样做时，它们是可见的，并且因为我们已将环境的副本附加到搜索路径，所以函数在rm()-ed 中仍然存在：
> attach(myEnv)
> foo(1:10)
[1] 5.5
> bar(1:10)
[1] 3.027650
> rm(list = ls())
> foo(1:10)
[1] 5.5
我仍然认为您最好使用自己的个人包裹，但同时上述内容可能就足够了。请记住，搜索路径上的副本就是副本。如果函数相当稳定并且您没有编辑它们，那么上面的方法可能有用，但如果您正在开发和修改函数，这可能比它的价值更麻烦。
第二种选择是将它们全部命名为.foo 而不是foo，因为ls() 不会返回这样命名的对象，除非设置了参数all = TRUE：
> .foo <- function(x) mean(x)
> ls()
character(0)
> ls(all = TRUE)
[1] ".foo" ".Random.seed"
【讨论】：
与 Gavin 的回答类似，以下内容会加载一个函数文件，但不会留下额外的环境对象：
if('my_namespace' %in% search()) detach('my_namespace'); source('my_functions.R', attach(NULL, name='my_namespace'))
如果已附加命名空间的旧版本（对开发有用），这将删除旧版本，然后将一个名为 my_namespace 的空新环境和源 my_functions.R 附加到其中。如果您不删除旧版本，您将构建多个同名的附加环境。
如果您想查看已加载哪些函数，请查看输出
ls('my_namespace')
要卸载，请使用
detach('my_namespace')
这些附加的函数，就像一个包一样，不会被rm(list=ls())删除。
【讨论】：
这里有两种方法：
1) 让每个函数名称都以点开头。例如.f 而不是 f。 ls 不会列出此类函数，除非您使用 ls(all.names = TRUE)，因此它们不会传递给您的 rm 命令。
或者，
2) 把它放在你的 .Rprofile 中
attach(list(
f = function(x) x,
g = function(x) x*x
), name = "MyFunctions")
这些函数将作为一个名为 "MyFunctions" 的组件出现在您的搜索列表中，而不是在您的工作区中，并且几乎可以像在您的工作区中一样访问它们。 search() 将显示您的搜索列表，ls("MyFunctions") 将列出您附加的函数的名称。由于它们不在您的工作区中，您通常使用的rm 命令不会删除它们。如果您确实希望删除它们，请使用detach("MyFunctions")。
【讨论】：
第一个快速而肮脏的选择是在使用rm() 时使用lsf.str()，以获取当前工作区中的所有功能。 ...并让您根据需要命名函数。
pattern <- paste0('*',lsf.str(), '$', collapse = "|")
rm(list = ls()[-grep(pattern, ls())])
我同意，这可能不是最佳做法，但它可以完成工作！ （而且我必须有选择性地自己清理......）
【讨论】：
我发现当我创建或调试一个函数时，我的 R 环境经常会被各种对象弄得一团糟。我想要一种方法来有效地保持环境中没有这些物体，同时保留个人功能。
下面的简单功能是我的解决方案。它做了两件事： 1) 删除所有不以大写字母开头的非函数对象，然后 2) 将环境保存为 RData 文件
（需要 R.oo 包）
cleanup=function(filename="C:/mymainR.RData"){
library(R.oo)
# create a dataframe listing all personal objects
everything=ll(envir=1)
#get the objects that are not functions
nonfunction=as.vector(everything[everything$data.class!="function",1])
#nonfunction objects that do not begin with a capital letter should be deleted
trash=nonfunction[grep('[[:lower:]]{1}',nonfunction)]
remove(list=trash,pos=1)
#save the R environment
save.image(filename)
print(paste("New, CLEAN R environment saved in",filename))
}
要使用此功能，必须始终遵守 3 条规则：
1) 将所有数据保留在 R 外部。
2) 对我希望永久可用的非功能对象使用以大写字母开头的名称。
3) 过时的功能必须用 rm 手动删除。
显然，这不是对每个人都适用的通用解决方案……如果您不遵守规则 #1 和 #2，则可能会造成灾难性的后果。但它确实有很多优点：a) 担心我的数据会被 cleanup() 破坏，这让我自律地只使用 R 作为处理器而不是数据库，b) 我的主要 R 环境非常小，我可以备份为电子邮件附件, c) 自动保存新功能（我不必手动管理个人功能列表）和 d) 保留对现有功能的所有修改。当然，最好的优势是最明显的……我不必花时间做 ls() 和审查对象来决定它们是否应该被 rm'd。
即使你不关心我的系统的细节，R.oo 中的“ll”功能对于这类事情也非常有用。它可用于实现几乎任何符合您个人编程风格的清理规则。
帕特里克·莫尔
【讨论】：
另一种选择：将函数保存在来自.RProfile 的单独文件中。您可以在闲暇时直接从 R 中重新获取内容。
【讨论】：
Gavin 的回答很精彩，我刚刚投了赞成票。只是为了完整，让我再扔一个：
R> q("no")
紧随其后
M-x R
创建一个新会话——它重新读取.Rprofile。简单、快速、便宜。
除此之外，私人包是我书中的方式。
【讨论】：