R LDAvis K=2 createJSON() 错误答案

【问题标题】：R LDAvis K=2 createJSON() errorR LDAvis K=2 createJSON() 错误
【发布时间】：2016-06-20 04:37:29
【问题描述】：

我使用 LDAvis 包的 createJSON() 函数，而我的 topicmodel 用于 2 个主题并收到此错误

Error in stats::cmdscale(dist.mat, k = 2) : 'k' must be in {1, 2, .. n - 1}

然后我使用给定 here 的可重现示例进行测试，设置 K=2 并保持所有内容相同，然后在 createJSON() 中再次遇到此错误。

查看 createJSON() here 的源代码后，问题出在函数 jsPCA() 中。在 jsPCA() 中，当 K=2 时，dist.mat 是单个值，会在行中引发错误

pca.fit <- stats::cmdscale(dist.mat, k = 2)

有什么建议可以解决这个错误吗？

【问题讨论】：

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标签： r lda topic-modeling

【解决方案1】：

您的问题出现是因为 jsPCA 内部的 jensenShannon 函数存在除零问题。整个 jsPCA 代码如下所示：

 jsPCA <- function(phi){
    jensenShannon <- function(x, y) {
    m <- 0.5 * (x + y)
    0.5 * sum(x * log(x/m)) + 0.5 * sum(y * log(y/m))
    }
    dist.mat <- proxy::dist(x = phi, method = jensenShannon)
    pca.fit <- stats::cmdscale(dist.mat, k = 2)
    data.frame(x = pca.fit[, 1], y = pca.fit[, 2])  
    }

如果 m 包含零，则结果为 NaN。错误从那里涓涓细流。因此，您可以通过指定允许零的降维方法来防止错误。事实上，LDAvis 文档提供了一个植根于 t-SNE 的选项：

 library("tsne")
 svd_tsne <- function(x) tsne(svd(x)$u)

只需将此函数插入 mds.method，就可以开始了：

 createJSON(phi, theta, doc.length, vocab, term.frequency,
            mds.method = svd_tsne,
            plot.opts = list(xlab="", ylab="")
            )

【讨论】：