qplot：仅绘制低于阈值的节点

Question

我正在尝试制作相异矩阵的可视化图表。使用这个站点，我遇到了 qgraph 包中的 qgraph 函数。使用threshold 标志，我可以从我的网络中删除高于提供的数值的边缘。这很好用，但是，如果我只想绘制低于某个阈值而不是高于某个阈值的值怎么办？

为此，我回到此站点并在此处阅读：How to plot near-zero values with qgraph? 以为此目的使用 cut 标志。但是，正如答案所述，此标志只会“调整饱和度，使切点以上的所有内容都具有最强的颜色强度，切点以下的任何内容，饱和度都会变弱。”

我想做的是只绘制nodes 之间低于我的切割值（或阈值）的线，而不是其他任何东西。

这是一些可重复的数据：

Dist <- data.frame(Sample_1 = c(0.0, 0.245, 0.191, 0.78, 0.5),  
               Sample_2 = c(0.3, 0.0, 0.2, 0.99, 0.6), 
               Sample_3 = c(0.65, 0.45, 0.0, 0.05, 0.8), 
               Sample_4 = c(0.45, 0.06, 0.88, 0.0, 0.7), 
               Sample_5 = c(0.11, 0.79, 0.66, 0.37, 0.0), 
              row.names = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"))

绘制图表：

qgraph(Dist, layout = "circle", vsize = 5, color = c("cyan", "yellow", "pink", "green3", "gray"), labels = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"), label.cex = 3, cut = 0.2)

如您所见，cut = 0.2 以上的任何内容也会被绘制且更暗。

我只想绘制低于 0.2 阈值的值。有没有办法做到这一点？

谢谢。

Answer 1

qgraph 似乎没有低于阈值的能力，因此我们必须对输入数据进行操作。

将threshold 上方的值替换为0 或NA 应该可以。使用 NA 会产生相同的输出，但会出现警告。

Dist <- data.frame(
  Sample_1 = c(0.0, 0.245, 0.191, 0.78, 0.5),
  Sample_2 = c(0.3, 0.0, 0.2, 0.99, 0.6),
  Sample_3 = c(0.65, 0.45, 0.0, 0.05, 0.8),
  Sample_4 = c(0.45, 0.06, 0.88, 0.0, 0.7),
  Sample_5 = c(0.11, 0.79, 0.66, 0.37, 0.0),
  row.names = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5")
)

library(qgraph)

qgraph(
  replace(Dist, Dist > 0.2, 0),
  layout = "circle",
  vsize = 5,
  color = c("cyan", "yellow", "pink", "green3", "gray"),
  labels = c("Sample_1", "Sample_2", "Sample_3", "Sample_4", "Sample_5"),
  label.cex = 3
)

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 4 月 6 日创建}