在几个预测变量上循环 Cox 回归模型答案

【问题标题】：Looping Cox regression model over several predictor variables在几个预测变量上循环 Cox 回归模型
【发布时间】：2012-10-17 01:45:15
【问题描述】：

我需要为几个变量运行 cox 回归模型，所以我想写一个循环来实现它。但无论如何它都不起作用。以下是我使用的代码

names(Gen) 
varlist <- names(hsb2)[8:11]  ## get the variables i want to involve in loop
models <- lapply(varlist, function(x) {
    coxph(substitute(Surv(Time, Status) ~ i, list(i = as.name(x))), data = Gen, ties="efron")
})

我得到的错误信息为

errors in terms.default(formula, special, data = data) : 
  no terms component nor attribute

有人知道如何解决这个问题或如何编写代码吗？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

因为模型以有趣的方式评估他们的公式，所以你最好创建一个字符串并将其转换为公式~~使用reformulate，如 Is there a better alternative than string manipulation to programmatically build formulas?~~ 而不是 substitute。（reformulate 通常更可取，因为它会测试输入的语法正确性，但在这种情况下，它会破坏响应变量。）

创建这个临时函数：

tmpfun <- function(x) as.formula(paste("Surv(Time,Status)",x,sep="~"))

提供给lapply 的函数体可以是：

coxph(tmpfun(x), data = Gen, ties="efron")

（您没有提供可重现的示例，但我认为这应该可行...）

为了获得额外的（但完全不必要的）酷感，您可以尝试用两个单独的 lapply 调用替换整个 lapply 调用，一个从变量名称列表中创建公式列表，一个从变量列表中创建一个列表公式列表中的拟合模型。

formlist <- lapply(varlist,tmpfun)
models <- lapply(formlist,data=Gen,ties="efron")

【讨论】：

恐怕我不知道（并且无法猜测，没有更多信息）您的代码有什么问题。我承认我没有测试过，但如果你给出了一个可重复的例子（tinyurl.com/reproducible-000），我可以自己测试我的答案。我需要更多的时间来制作一个可重复的例子，而且它可能不是你想要的，所以现在这个负担在你身上......
（我自己确实在我的代码中发现了一个错误。但您仍然需要提供更多信息！）
好的，我自己测试了。你（至少）需要使用tmpform <- as.formula(paste("Surv(Time,Status)",x,sep="~")) 而不是reformulate。当我有机会时，我会回来编辑我的答案以解释原因。