pROC 默认 DeLong 或引导程序

【问题标题】：pROC default DeLong or bootstrappROC 默认 DeLong 或引导程序
【发布时间】：2018-04-12 08:52:20
【问题描述】：

如果您提供有关是否将 DeLong 方法或 2000 引导程序用作默认 ROC 曲线方法的建议，我将不胜感激。我已经阅读了 pROC pdf 指南，但不确定哪个是默认方法。 pdf 的不同部分，特别是在有关 AUC 计算的置信区间的部分中提到 DeLong 或 2000 bootstraps 是默认值。

我使用的代码包括以下内容：

#generate ROC and Confidence intervals for this bootstrap/dose bin
roc2<-roc(SYNdata_b$Endpoint1,SYNdata_b[,i+2])
roc2_CI<-ci(roc2)

#Generate Youden and Closest to Left
rocY<-coords(roc2,"b",best.method="youden")
roctl<-coords(roc2,"b",best.method="closest.topleft")

非常感谢您在这里的任何建议。

【问题讨论】：

标签： proc-r-package

【解决方案1】：

您正在计算 AUC 的置信区间，因此您使用的是 ci.auc 函数。文档页面指出：

默认是使用“delong”方法，除了部分AUC的比较和平滑曲线，其中使用 bootstrap。

您没有指定任何部分 AUC 规范或任何平滑选项，因此将使用 DeLong 方法。

另外，您可以在控制台上查看输出，其中会显示使用的方法，例如这里的 DeLong：

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj)
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)

如有疑问，如果方法对您很重要，最好明确指定方法：

> data(aSAH)
> rocobj <- roc(aSAH$outcome, aSAH$s100b)
> ci(rocobj, method = "delong")
95% CI: 0.6301-0.8326 (DeLong)
> ci(rocobj, method = "bootstrap", boot.n = 10000)
95% CI: 0.6296-0.8283 (10000 stratified bootstrap replicates)

【讨论】：