将 Jags 模型转换为 stan 模型答案

【问题标题】：Convert Jags model to stan model将 Jags 模型转换为 stan 模型
【发布时间】：2020-03-26 16:11:47
【问题描述】：

我正在尝试将 Jags 模型转换为 stan 模型。

锯齿：

model{

    for (i in 1:n){

        theta[i] ~ dbeta(u*s, s-u*s)

        y[i] ~ dbin(theta[i],N[i])
    } 

    u ~ dunif(0,1)
    s ~ dlnorm(4,0.25)

}

斯坦：

data {
  int<lower=0> J;

  int y[J];

  int N[J]; 
}


parameters {

  real<lower=0, upper=1> u;

  real<lower=0> s;

  vector[J] theta;

}


model {

    s ~ lognormal(4,2);

    theta ~ beta(s*u, s*(1-u));

    y ~ binomial(N, theta);

}

但是当我运行它时，它会返回如下消息：

链 1：拒绝初始值：链 1：在初始值处评估对数概率的错误。链 1：异常：beta_lpdf：随机变量 [4] 为 -1.58608，但必须 >= 0！（在第 18 行的“model29e45483bba0_model”中）

什么会在这个模型中产生负值？

【问题讨论】：

标签： r model stan

【解决方案1】：

错误消息是由于theta 上没有适当的边界而导致的。应该是

vector<lower = 0, upper = 1>[J] theta;

许多 Stan 的新用户认为，在 theta 上放置一个类似于 beta 的东西意味着它介于零和一之间。但是，没有这样的含义，特别是在theta 的提案中，正如您从错误消息中看到的那样，除非声明了边界（在这种情况下，它们通过无约束变量的转换来强制执行），否则它可能是负数或大于一.

【讨论】：