R：ggfortify：“自动绘图不支持 prcomp 类型的对象”答案

【问题标题】：R: ggfortify: "Objects of type prcomp not supported by autoplot"R：ggfortify：“自动绘图不支持 prcomp 类型的对象”
【发布时间】：2015-07-15 08:59:02
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggfortify 来可视化我使用 prcomp 所做的 PCA 的结果。

示例代码：

iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))

错误：自动绘图不支持 prcomp 类型的对象。请改用 qplot() 或 ggplot()。

奇怪的是，autoplot 是专门为处理 prcomp 的结果而设计的——ggplot 和 qplot 不能处理这样的对象。我正在运行 R 版本 3.2，刚刚从 github 下载了 ggfortify。

谁能解释这个消息？

【问题讨论】：

好吧，在没有任何其他想法的情况下，我只是第三次重新安装了所有东西，并且由于某种原因它起作用了。

标签： r pca ggfortify

【解决方案1】：

我猜你没有加载所需的库，代码如下：

library(devtools)
install_github('sinhrks/ggfortify')
library(ggfortify); library(ggplot2)
data(iris)
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
autoplot(prcomp(iris.pca))

会起作用

【讨论】：

【解决方案2】：

即使 ggfortify 的简单性很迷人，我也不鼓励将其用于与标准 ggplot2 函数的某些重叠（例如警告 replacing previous import ‘dplyr::vars’ by ‘ggplot2::vars’ when loading ‘ggfortify’）。一个聪明的解决方法是直接使用ggplot2。

在这里我提出两个版本及其结果。

# creating the PCA obj using iris data set
iris.pca <- iris[c(1, 2, 3, 4)] 
pca.obj <- prcomp(iris.pca)

# ggfortify way - w coloring
library(ggfortify)
autoplot(pca.obj) + theme_minimal()  


# ggplot2 way - w coloring
library(ggplot2)
dtp <- data.frame('Species' = iris$Species, pca.obj$x[,1:2]) # the first two componets are selected (NB: you can also select 3 for 3D plottings or 3+)
ggplot(data = dtp) + 
       geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, col = Species)) + 
       theme_minimal()

注意：直接 ggplot2 数据框结构的着色要容易得多。

【讨论】：