计算R中矩阵中列的曲线下面积答案

【问题标题】：calculate area under the curve over columns in matrix in R计算R中矩阵中列的曲线下面积
【发布时间】：2015-09-03 12:34:37
【问题描述】：

我想计算一组受试者在多个浓度下测量的几个特征的曲线下面积。 MESS auc 函数（在此处描述：Calculate the Area under a Curve in R）为我提供了 auc，但我无法将其应用于我的数据文件中所有主题的每一列（特征）。

我的数据基本上是这样组织的：

rowname  id      conc    feature1    feature2     feature3   ...
s1       ccr01   5       18575       80337        100496
s2       ccr01   4       18161       65723        109037
s3       ccr01   3       18092       99807        105363
s4       ccr01   2       5196        71520        84113
s5       ccr01   1       3940        50236        77145
s6       ccr02   5       1878        21812        10306
s7       ccr02   4       3660        18437        13408
s8       ccr02   3       4439        28379        25899
s9       ccr02   2       2710        22960        28080
s10      ccr02   1       1970        23557        22409
 .
 .
 .

我想返回按唯一主题 ID（行）排序的特征 AUC（列）的矩阵/df：

rowname    feature1    feature2    feature3
ccr01      52338.61    300823.6    388368.2
ccr02      12914.41    91486.32    84316.82

任何建议将不胜感激！

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

使用链接帖子中的函数和plyr 获取函数ddply，这可能有效（并且数据名为dat）

library(zoo)
AUC <- function(x, fs) 
    sapply(fs, function(f) sum(diff(x$conc)*rollmean(x[,f],2)))

library(plyr)
ddply(dat, .(id), function(x) {
    x <- x[order(x$conc),]
    AUC(x, grep("feature", names(x), value=T))
})

#      id feature1 feature2 feature3
# 1 ccr01  52706.5 302336.5 387333.5
# 2 ccr02  12733.0  92460.5  83744.5

这里，fs 是包含feature 字符串的列，所以它只是将AUC 函数应用于那些按id 分组的列。

dplyr 解决方案，

library(dplyr)
AUC <- function(x, fs)
    setNames(as.data.frame(
        lapply(fs, function(f) sum(diff(x$conc)*rollmean(x[,f], 2)))), 
             fs)

dat %>% 
  group_by(id) %>%
  arrange(conc) %>%
  do(AUC(., grep("feature", names(.), value=T)))

【讨论】：

谢谢，LegalizeIt。如果我将 fs 重新定义为 3:ncol(x)，则带有 sapply 的 AUC 函数可以正常工作。但是，当我尝试使用 ddply 时，我不断收到以下错误：
您的数据是矩阵吗？在这种情况下，您可以将 names(x) 更改为 colnames(x) 或照常使用索引。什么错误？ ddply 不适用于矩阵，如果您想使用plyr 解决方案，可以将其转换为data.frame，使用as.data.frame。
谢谢，LegalizeIt！如果我将 fs 重新定义为 3:ncol(x)，则带有 sapply 的 AUC 函数可以正常工作。但是，当我尝试使用 ddply 时，我不断收到以下错误：错误：'names' 属性 [10] 必须与向量 [5] 的长度相同在这个玩具示例中，我有 2 个 ID、5 个 conc 和一个一共10行。 .(id) 有什么作用？
很抱歉。我正在安装支持 plyr 的软件包。我的玩具数据是 df，但我确实有行名而不是编号行。这会有所作为吗？
如果您在原始帖子中转储 dput(head(yourData, 10)) 的输出，我可以使用您的实际数据进行测试。