如何重新排序频率表（OTU/ASV 表）中的列？样品有问题[重复]

【问题标题】：How to re-order columns in a frequency table (OTU/ASV table)? Samples are out of order [duplicate]如何重新排序频率表（OTU/ASV 表）中的列？样品有问题[重复]
【发布时间】：2021-07-24 06:07:54
【问题描述】：

我的实验室希望分析 30 个包含 NGS 数据的环境样本。当我对 tar.bz2 文件进行 tar 处理时，发布的 fastq 文件在新目录中出现故障。我没有想到任何事情，并认为随着我的工作流程的进展，订单将被简单地纠正。这没有发生。现在在频率表中，我的样本列乱序了。这是我的意思的一个例子：

sample-B1	sample-B4	sample-B3	sample-B2	species
2	0	4	8	dog
14	3	10	9	cat

我想将示例列更改为 B1-B4 的顺序，如下所示：

sample-B1	sample-B2	sample-B3	sample-B4	species
2	8	4	0	dog
14	9	10	3	cat

这是一个简化。在我的实际数据中，我有 30 个“样本”列。有没有简单的方法可以做到这一点？

提前感谢您的宝贵时间:)

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics

【解决方案1】：

我们可以在列上使用str_sort

library(dplyr)
library(stringr)
df1 <- df1 %>%
   select(str_sort(names(.), numeric = TRUE))

-输出

df1
#  sample-B1 sample-B2 sample-B3 sample-B4 species
#1         2         8         4         0     dog
#2        14         9        10         3     cat

或者另一个选项是mixedsort from gtools

df1 <- df1[gtools::mixedsort(names(df1))]

数据

df1 <- structure(list(`sample-B1` = c(2L, 14L), `sample-B4` = c(0L, 
3L), `sample-B3` = c(4L, 10L), `sample-B2` = 8:9, species = c("dog", 
"cat")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -2L))

【讨论】：

感谢您的回复阿克伦！我尝试了 df1