无法在 jupyter notebook 中导入模块；错误的系统路径

Question

我在 iPython/Jupyter 笔记本中导入模块时遇到问题。问题根本在于 sys.path 指向的位置。

从 iPython/Jupyter 笔记本，sys.executable 返回：

'/usr/bin/python'

但是，从命令行，它返回：

'//anaconda/bin/python'

我已尝试卸载并重新安装 anacondas，但问题仍然存在。

我还尝试在我的 bash_profile 中增加 $PYTHONPATH 以包含 //anaconda/bin/python，但这并不能解决它。

是否可以永久更改我的 jupyter 笔记本中的 sys.path，而无需简单地使用 sys.path.append(...)？

Answer 1

我刚刚遇到了这个问题。做了一个

find ~ -name kernal.json

得到了

/home/mee/dev/my-venv1/__venv__/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json
/home/mee/dev/my-venv2/__venv__/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json
/home/mee/.local/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json

我查看了~/.local/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json 内部，发现它指向/home/alex/dev/my-venv2/__venv__/bin/python3。

我删除了~/.local/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json，现在my-venv2 中的那个指向了正确的那个，并且一切正常。

Answer 2

我有同样的问题。在对其他地方找到的这个问题进行了许多（比如太多）解决方案之后，我设法找到了一个至少适用于我的情况的解决方案。

Step1：检查anaconda环境的正确可执行路径。

进入命令行，激活有问题的conda环境，并检查环境的正确可执行路径。

conda activate {envronment name};
然后在python控制台上， (>>>)import sys;sys.executable

例如在 Linux 上它将是 /media/{username}/{path-to}/anaconda3/envs/{environment name}/bin/python

第 2 步：更正 jupyter 会话的可执行路径。

从命令行，检查有问题的 conda 环境的 kernel.json 所在的路径。

jupyter kernelspec list

例如在 Linux 上它将是：/home/{username}/.local/share/jupyter/kernels/{environment name}

打开该文件夹下的kernel.json，替换错误的可执行路径，如下图。

{
 "argv": [
  "REPLACE-THIS-WITH-THE-CORRECT-EXECUTABLE-PATH",
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "display_name": "environment name",
 "language": "python"
}
 

希望这也适用于您的情况。

Answer 3

以上答案都没有解决我的问题。在我的 Windows 系统中，我尝试了这个，它成功了。

conda create --name {envname}
conda install ipykernel --name {envname}
python -m ipykernel install --prefix=C:/anaconda/envs/{envname} --name {envname}
activate envname
pip install jupyter

检查笔记本后记中的 sys.executable 以确保输出中提到了您的前缀。

Answer 4

我的系统是 Mac。我遇到了同样的问题。

我使用我的 anaconda python 安装了软件包，但我的 jupyter notebook 没有使用它并且无法导入模块。我通过以下步骤解决了这个问题：

Step1：检查你安装包的实际python路径

我运行which python，它显示了我用来安装包的默认python：

➜  ~ which python
/Users/my_name/opt/anaconda3/bin/python

Step2：将jupyter内核的python路径改为上述路径

我运行 jupyter kernelspec list，它显示了我的 jupyter notebook 可以使用的 2 个内核：

Available kernels:
  python3    /Users/my_name/Library/Jupyter/kernels/python3
  python2    /usr/local/share/jupyter/kernels/python2

由于我通常在我的jupyter中使用python3，所以我选择编辑第一个内核的配置，运行： vi /Users/my_name/Library/Jupyter/kernels/python3/kernel.json

将第一个路径替换为"/Users/my_name/opt/anaconda3/bin/python"（如which python 命令所示。）

{
 "argv": [
  "/Users/my_name/opt/anaconda3/bin/python",
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "display_name": "heterodimers",
 "language": "python"
}

保存并退出kernel.json 文件。

之后，我的jupyter notebook就可以导入我在终端安装的包了。

感谢迈克的回答，因为我基本上是按照他的解决方案找到我的。不同的是我没有使用conda环境。

Answer 5

1. 打开一个新的终端窗口，看看是否有帮助。如果没有，请继续执行 2。

2. 从终端启动标准 Python 会话并输入：

   >>> import sys
   >>> sys.executable
   

3. 在笔记本上做同样的事情：

   In [1]: import sys
           sys.executable
   

4. 比较结果。希望这能让您知道发生了什么。