Scipy Dendrogram 中的标签排序

【问题标题】：Label Ordering in Scipy DendrogramScipy Dendrogram 中的标签排序
【发布时间】：2018-06-28 03:07:27
【问题描述】：

在 python 中，我有一个 N × N 距离矩阵 dmat，其中 dmat[i,j] 编码从实体 i 到实体 j 的距离。我想查看树状图。我做到了：

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pylab as plt

labels=[name of entity 1,2,3,...]

Z=linkage(dmat)
dn=dendrogram(Z,labels=labels)
plt.show()

但是标签排序看起来不对。有些实体与 dmat 非常接近，但这并未反映在树状图中。怎么回事？

【问题讨论】：

标签： python scipy hierarchical-clustering

【解决方案1】：

linkage 的第一个参数必须是 condensed 格式的距离，或者是被聚类的点数组。如果传递平方 (N x N) 距离矩阵，linkage 会将其解释为 N 维空间中的 N 个点。

您可以使用scipy.spatial.distance.squareform 将方阵转换为精简形式。

将此添加到文件的开头

from scipy.spatial.distance import squareform

替换这个

Z=linkage(dmat)

与

Z = linkage(squareform(dmat))

【讨论】：