RedHat 上 Scipy 和 Scikit-learn 中的未定义符号

Question

我正在尝试在我没有 root 权限的 64 位 Red Hat Enterprise 6.6 服务器上安装 Scikit-Learn。我已经完成了 Python 2.7.9、Numpy 1.9.2、Scipy 0.15.1 和 Scikit-Learn 0.16.1 的全新安装。服务器上安装的 Atlas BLAS 是 3.8.4。

我可以安装 scikit-learn，但是当我尝试在 Python 中导入它时，我得到了

File "<pyinstall>/site-packages/scipy/parse/linalg/isolve/_iterative.so: undefined symbol: slamch_"

同样，当我跑步时

>>> import scipy; scipy.test()

我收到 16 个错误，其中 14 个是 ImportErrors，用于以下未定义的符号：

• scipy/cluster/_vq.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done
• scipy/special/_ufuncs.so: undefined symbol dstevr_
• scipy/linalg/_fblas.so: undefined symbol csyr_
• scipy/lib/blas/fblas.so: undefined symbol slamch_
• scipy/lib/lapack/flapack.so: undefined symbol sgbsv_
• scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done

我的研究 我发现的几个来源表明，由于在编译 BLAS/LAPack 库和 scipy 时 Fortran 编译器不匹配，会出现此类问题，例如this mail exchange 和 2007 年的另一个（未链接，因为我的声誉不够高，无法包含另一个链接；它引用了 _gfortran_st_write_done 符号）。但是，BLAS 构建是在只安装了 gfortran（没有 g77 或 Intel 编译器）的服务器上完成的，我重新编译了 scipy 以明确使用 gfortran。

scipy安装说明中还提到Atlas BLAS自带的LAPACK版本不是完整的实现，并且说如果安装的LAPACK缺少某些功能可能会出现ImportErrors。所以，我按照here 的说明安装了 LAPACK 3.5.0 的完整版，也是用 gfortran 编译的。然后我重新编译 scipy 和 sklearn 指向更新的库，并收到相同的导入错误。

我的问题 除了不匹配的 Fortran 编译器之外，还有什么可能导致这些错误的吗？或者，我需要重新编译另一个库吗？

Answer 1

感谢Andreas Mueller 的提示：将anaconda 本地安装到我拥有的目录可以解决编译问题。