使用 NetwrokX/Matplotlib 防止边缘和节点重叠

Question

我正在尝试绘制问题“Collat​​z 猜想”的数字，它在数字（节点标签）之间形成了一个很好的网络。但是，在使用 networkx nx.spring_layout(G) 的解决方案的最终图中，我得到重叠的边缘和节点：

nx.spring_layout 配置（通过反复试验）为：

 pos=nx.spring_layout(G,k = 0.004, iterations = 500, scale = 0.6)
 nx.draw(G, labels=labels, pos=pos, font_size = 6, alpha = 0.5, node_size = nodes.values())
 plt.show()

鉴于绘图窗口中有足够的空白空间，是否有特殊方法可以防止这种重叠？在这种情况下，节点大小由以下值决定：len(G.neighbors(node)) 没有节点有超过 3 个邻居，并且最大节点大小上限为 300，以进一步防止重叠。 奇怪的是，对于较长的分支，这似乎处理得相当好，但是对于图像中的 [24,12,6,3,10] 之类的分支，它无法充分划分这个分支，在其他情况下它完全重叠。请告知我是否应该使用除 nx.spring_layout(G) 之外的其他布局，这可能会更好地处理这个问题。

Answer 1

收到 DYZ 关于使用 graphviz_layout() 的真正有用的评论，我想我会在这里分享我的经验，以防其他人遇到类似的问题，因为进行此设置并不完全简单（对于我，至少，在 Ubuntu 16.04 上）：

我发现sudo pip install pygraphviz 不起作用，因为它找不到它需要的文件之一。然后我尝试了sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev pkg-config，然后是sudo pip install pygraphviz（感谢this suggestion），它看起来就像它工作（即安装成功），但我仍然无法通过NetworkX使用graphviz_layout()。所以，我卸载了pygraphviz (sudo pip uninstall pygraphviz) 并重新安装如下（感谢this thread 的提示）：

sudo pip install pygraphviz --install-option="--include-path=/usr/include/graphviz" --install-option="--library-path=/usr/lib/graphviz/"

这确实工作了，与使用 NetworkX 的 spring_layout() 相比，使用 graphviz_layout() 的可视化似乎具有更少的节点重叠，以及更美观的边长和簇间距方法。