Draw_grapviz：缺少 Python 依赖项错误答案

【问题标题】：Draw_grapviz : Missing Python dependency errorDraw_grapviz：缺少 Python 依赖项错误
【发布时间】：2014-12-11 00:40:26
【问题描述】：

我正在尝试使用BioPython 和PyGraphviz 库中的Phylo.draw_graphviz 方法创建系统发育树。我阅读了文档并为 Windows 安装了 networkx、matplotlib 和 Graphviz 2.38。然后我从 Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages 安装了 PyGraphviz 。我遵循Biopython wiki中给出的以下代码：

from Bio import Phylo
import pylab

tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
Phylo.draw_graphviz(tree)
pylab.show()

但是我一直遇到这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\GAMER\Desktop\Methybase\Data\Helicobacter  pylori  F16\graphtezt.py", line 5, in <module>
    Phylo.draw_graphviz(tree)
  File "c:\users\gamer\desktop\padai\coding\user\lib\site-packages\Bio\Phylo\_utils.py", line 155, in draw_graphviz
    raise MissingPythonDependencyError(
UnboundLocalError: local variable 'MissingPythonDependencyError' referenced before assignment

源代码可用here。我按照回溯的建议检查了155 行，这就是它所说的：

raise MissingPythonDependencyError( 
                 "Install PyGraphviz or pydot if you want to use draw_graphviz.")

任何解决方案将不胜感激

【问题讨论】：

标签： python biopython pygraphviz

【解决方案1】：

从该链接上的代码看来，缺少关键行。这应该是from Bio import MissingPythonDependencyError，它应该在第 154 行和第 155 行之间缩进显示。问题是函数在调用之前没有被导入，因为如果模块 networkx 丢失，它只会在第 134 行导入。

【讨论】：

我尝试编辑代码并添加import，但仍然出现同样的错误。
这很奇怪，我原以为它会抛出异常。但它不是同一个。你确定错误是完全一样的吗？
是的，我仍然遇到同样的错误。更令人困惑的是，在我添加 import 后，155 处的 raise.. 语句变为 156，但错误仍然显示错误位于 raise... 处的留置权 155
看来解释器正在缓存模块。事实上，我几乎可以肯定，因为行号对应于该行上需要重新加载的内容。是否出现任何以 .pyc 或 .pyo 结尾的文件？
我尝试注释掉raise。同样的错误。它怎么会给我一个评论错误？