无法绘制石榴图（未找到 pygraphviz）答案

【问题标题】：Can't plot pomegranate graph (pygraphviz not found)无法绘制石榴图（未找到 pygraphviz）
【发布时间】：2019-05-06 22:03:28
【问题描述】：

我不明白发生了什么，但我似乎不再能够从 PyCharm 内部绘制石榴图。我正在使用 conda 作为包管理器，并且已经完成了常规操作：

conda install graphviz
conda install python-graphviz

但每次我从 PyCharm 内部调用 model.plot() 我都会得到

Traceback (most recent call last):
  File "<input>", line 1, in <module>
  File "/Applications/PyCharm.app/Contents/helpers/pydev/_pydev_bundle/pydev_umd.py", line 198, in runfile
    pydev_imports.execfile(filename, global_vars, local_vars)  # execute the script
  File "/Applications/PyCharm.app/Contents/helpers/pydev/_pydev_imps/_pydev_execfile.py", line 18, in execfile
    exec(compile(contents+"\n", file, 'exec'), glob, loc)
  File "/Users/.../xai/import.py", line 36, in <module>
    model.plot()
  File "pomegranate/BayesianNetwork.pyx", line 281, in pomegranate.BayesianNetwork.BayesianNetwork.plot
ValueError: must have pygraphviz installed for visualization

我显然已经尝试安装pygraphviz，但似乎没有任何区别

【问题讨论】：

我也尝试过从外部 Python 控制台进行绘图，但我得到了同样的错误，所以问题似乎不是 PyCharm 所特有的
还有什么快乐......？

标签： python graphviz pygraphviz pomegranate

【解决方案1】：

遇到了类似的问题，虽然 @Baumann 的解决方案对我不起作用，但安装 matplotlib 解决了我的问题（Win10 和 WSL 下的 python 3.6）。

pip 安装 matplotlib

建议的背景：BayesianNetwork.pyx 中的石榴代码使用相同的 try 语句捕获多个导入异常（参见下面的代码，github, latest commit f116357 也可用，在我的情况下，即使我安装了 pygraphviz 没有 @987654325 @ installed 导致引发令人沮丧的异常。

第 40 行以后：

try:
    import tempfile
    import pygraphviz
    import matplotlib.pyplot as plt
    import matplotlib.image
except ImportError:
    pygraphviz = None

然后从第 222 行开始：

if pygraphviz is not None:
    G = pygraphviz.AGraph(directed=True)

    for state in self.states:
        G.add_node(state.name, color='red')

    for parent, child in self.edges:
        G.add_edge(parent.name, child.name)

    if filename is None:
        with tempfile.NamedTemporaryFile() as tf:
            G.draw(tf.name, format='png', prog='dot')
            img = matplotlib.image.imread(tf.name)
            plt.imshow(img)
            plt.axis('off')
    else:
        G.draw(filename, format='pdf', prog='dot')

else:
    raise ValueError("must have pygraphviz installed for visualization")

【讨论】：

【解决方案2】：

我刚刚遇到了同样的问题。我解决了安装graphviz开发包的问题。在 openSUSE 存储库中，它被称为graphviz-devel。

它的描述是：

graphviz-devel 包包含开发所需的所有内容使用包括 man3 页面在内的 graphviz 库的程序。

【讨论】：