如何修复 docker 中的 graphviz.backend.ExecutableNotFound？答案

【问题标题】：how to fix graphviz.backend.ExecutableNotFound in docker?如何修复 docker 中的 graphviz.backend.ExecutableNotFound？
【发布时间】：2021-09-17 04:11:23
【问题描述】：

我有一个错误：

  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/graphviz/backend.py", line 244, in pipe
    out, _ = run(cmd, input=data, capture_output=True, check=True, quiet=quiet)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/graphviz/backend.py", line 167, in run
    raise ExecutableNotFound(cmd)
graphviz.backend.ExecutableNotFound: failed to execute ['dot', '-Tpng'], make sure the Graphviz executables are on your systems' PATH

当我这样做时在我的 Mac 中：

dot -V

我明白了：

dot - graphviz version 2.47.3 (20210619.1520)

当我这样做时：

which dot

我明白了：

/usr/local/bin/dot

似乎 docker 不认识这个包。我试着做：

$ export PATH="${PATH}:/usr/local/bin"

如Where do I add Graphviz's Executable on a Mac 中所述但这并不能解决问题。

当我在码头时：

pip install graphviz

上面写着：

Requirement already satisfied: graphviz in /usr/local/lib/python3.6/site-packages (0.15)

如何让 docker 识别可执行文件？我不能在 docker 中执行 brew install graphviz 这个命令仅在 Mac 终端中被接受，但在 docker 中不被接受。

【问题讨论】：

容器有自己独立的文件系统和运行环境；它不能使用安装在 Docker 外部主机上的二进制文件（尤其是在主机和容器运行不同操作系统的 Mac 上）。您需要在镜像的 Dockerfile 中安装该软件包，可能使用 Debian apt-get 工具。
@DavidMaze 我怎样才能为正在运行的 docker 做到这一点？
构建一个新镜像，停止并删除现有容器，然后docker run从更新的镜像中创建一个新容器。
@DavidMaze 为什么我不能在 docker 运行时“即时”执行此操作？
因为一旦容器退出，您在容器文件系统中更改的任何内容都会丢失；因为您希望能够检查源代码控制构建映像和容器所需的步骤。此外，删除和重新创建容器非常便宜，没有理由避免它。

标签： python docker graphviz

【解决方案1】：

我假设在某些时候你已经在你的 docker 容器中安装了 python。拥有这个，你应该在你的项目中有一个名为requirements.txt的文件，里面有这样的东西：

graphviz=~2.47.3

你的 Dockerfile 应该是这样的：

FROM python:3.8.6-slim

RUN apt-get update && apt-get -y install
RUN pip install --upgrade pip

WORKDIR /code
COPY /code
COPY requirements.txt .

RUN pip install -r requirements.txt

CMD ["python3", "<yourPythonScript>.py"]
EXPOSE 3000
COPY . .

为了更好的解释，当你的容器构建完成时，你应该将requirements.txt文件复制到docker容器的工作目录，然后运行pip install -r requirements.txt命令。这样，graphviz 包将被安装并从其容器中访问。

注意：如果你不向我们展示你的 Dockerfile，这很难理解。

【讨论】：

抱歉不清楚。码头工人已经在运行。我想为特定的临时用途添加包。所以我使用了docker exec -it id bash 并做了pip install graphviz 并运行了一个特定的脚本。脚本在我的 Mac 上运行良好，但在 docker 上无法运行
现在我明白了。您是否尝试列出此容器中安装的软件包？如果您的容器基于 Alpine，请使用：docker exec -i <container_id> apk info -vv | sort。如果它基于 Debian 和 Ubuntu，请使用：docker exec -i <container_id> dpkg -l
pip freeze 显示软件包已安装，但我猜二进制文件丢失了。 pip install graphviz 由于某种原因还不够，我还需要运行 brew install graphviz 来获取二进制文件，但我不知道如何在正在运行的 docker 上执行此操作。
好吧，我认为解决方案是将软件包安装在映像的 Dockerfile 中，就像您建议的那样@DavidMaze