R中随机森林的二元部分依赖答案

【问题标题】：Bivariate partial dependence with randomForest in RR中随机森林的二元部分依赖
【发布时间】：2016-12-30 07:25:16
【问题描述】：

我有一个数据集，其中包含一个二进制因变量和多个预测变量，包括参与者。我正在尝试检查不同预测变量对不同参与者的特殊影响。为了做到这一点，我试图查看参与者 id 和其他预测变量之间的交互对因变量的影响。我在 R 中使用 randomForest。我可以成功拟合森林，并且可以为各个变量生成部分依赖图。然而，我需要的是成对变量的部分依赖图 - 参与者 + 其他人。这可能吗？

供参考，我的代码：

data_sample<-data_raw[sample(1:nrow(data_raw),500,replace=F),];
test_rf<-randomForest(perceptually.rhotic~vowel+speaker+modified_clip_start+function_word+year_of_birth+gender+fathers_job_type+prepausal,data=data_sample,ntree=500,mtry=3);
partialPlot(test_rf,pred.dat=data_sample,x.var="speaker");

??? partialPlot(test_rf,pred.dat=data_sample,x.var=c("speaker","vowel"));

非常感谢任何人提供的任何建议！

【问题讨论】：

标签： r statistics random-forest

【解决方案1】：

plotmo R 包将为“任何”模型绘制所有变量和变量对（双变量依赖）的部分依赖关系。例如：

library(randomForest)
data(trees)
mod <- randomForest(Volume~., data=trees)
library(plotmo)
plotmo(mod, pmethod="partdep") # plot partial dependencies

这给了

您可以使用 plotmo 的 all1、all2、degree1 和 degree2 参数准确指定绘制哪些变量和变量对。其他示例位于vignette for the plotmo package。

【讨论】：