【发布时间】：2015-07-24 13:53:15
【问题描述】：
我想在 fortran 中打开一个 MAT 文件，我按照example file 操作。编译和链接发生时没有任何错误或警告。
这是生成文件：
FC = gfortran
FCFLAGS = -g -fcheck=all -Wall
INCLUDES = -I/usr/local/matlab2008a/extern/include
LFLAGS = -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64
LIBS = -lmat -lmx
LDFLAGS = "-Wl,-rpath,/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64"
main: main.o param.o dmotifs.o ssa.o
$(FC) $(LFLAGS) $(LIBS) $(LDFLAGS) -o main main.o param.o dmotifs.o ssa.o
param.o: param.f90
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
dmotifs.o: dmotifs.f90 param.o
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
ssa.o: ssa.f90 dmotifs.o
$(FC) $(FCFLAGS) -c $<
main.o: main.f90 param.o dmotifs.o ssa.o
$(FC) -c -cpp $(FCFLAGS) $(INCLUDES) $<
clean:
rm -f *.o *.mod *.MOD
但是，当我运行脚本时，出现分段错误错误。
Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
Backtrace for this error:
#0 0x37B4C19497
#1 0x37B4C19ADE
#2 0x37B1E358EF
#3 0x7F1EA50EA7C1
#4 0x401A69 in MAIN__ at main.f90:75
Segmentation fault
这是主要代码：
#include "fintrf.h"
PROGRAM main
USE ssa
IMPLICIT NONE
CHARACTER(LEN=6) :: argfun
TYPE(fhandle), DIMENSION(13) :: fmotifs
TYPE(funnames), DIMENSION(13) :: fnames
TYPE(PRM) p
REAL, DIMENSION(4) :: y0
REAL tf
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: t
REAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:,:) :: y
TYPE(OPTIONS) opt
INTEGER fin
REAL nM2m
! MAT-FILE Declarations !
INTEGER*8 matOpen, matGetDir !, matGetNextVariable
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) !, name
!===========================!
nM2m=1.355178815844751e3;
opt%numsample=2000
tf=1000000
call get_command_argument(1,argfun)
call makemotifs(fnames,fmotifs)
call getparamdef(p)
if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
write(*,*) "No such motif: ",argfun
write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
stop
else
fin=fchton(argfun)
y0=nint(nM2m*analys(p,argfun))
!*** ==> OPEN MAT-file <== ***!
mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')
if (mp .eq. 0) then
write(6,*) "Can't open MAT-file"
stop
end if
dir = matgetdir(mp, ndir)
if (dir .eq. 0) then
write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
stop
endif
call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)
do 20 i=1,ndir
call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
20 continue
write(6,*) 'Directory of Mat-file:'
do 30 i=1,ndir
write(6,*) names(i)
30 continue
write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
write(6,*) ' With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
call mxDestroyArray(pa)
clstat=matClose(mp)
call gillespie(fmotifs(fin),y0,p,tf,opt,t,y)
end if
第 75 行（如错误消息中指出的那样）：dir = matgetdir(mp, ndir)
我不知道如何解决这个问题。如果我注释掉 MAT 文件的打开部分，那么一切正常。 MAT 文件包含一个浮点 3D 数组 (9x5x10000) 和两个标量。
编辑
似乎对于 64 位系统，指针必须声明为 integer*8 而不是 integer。当我这样做时，我再次在这一行遇到分段错误：call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)
关于这个主题的 Mathworks 文档几乎没有，它们使它看起来是一项非常简单的日常工作。地球上有没有人实际上在 fortran 上打开了一个 MAT 文件？有人可以分享他们的脚本吗？
【问题讨论】：
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@AlexanderVogt 他有一些回溯，第 75 行。
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再次检查您正确调用了 mat* 例程，例如，参数的数量及其类型。如果他们有一些带有显式接口的模块，那将是最好的。
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实际上我正在放弃使用 MAT 文件。使用 HDF5 是一个更好的选择。出于一般兴趣保留此帖子。
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今天的 MAT 文件是 HDF5 文件的受限形式。如果不查看实际代码，很难在以后的编辑中诊断问题。
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@IanH 这是实际代码。程序中使用的模块只有用于进行一些计算的子程序。即使我删除了需要这些模块的语句，也会发生此错误。