使用 Elki 创建树状图

Question

我想为聚类结果绘制树状图。现在我正在使用 ELKI 0.7.5 中的 ElkiBuilder 进行集群。

在最好的情况下，我想直接绘制树状图。

如果这不可能，我想从聚类中提取信息（距离），以使用另一个库创建树状图（例如，使用 newick 格式）

因此我的问题：

• 是否可以使用 ELKI 创建树状图？

• 是否可以访问在聚类期间计算的距离？ （两个聚类合并时使用的距离）

现在我正在使用以下代码进行聚类：

public Clustering<?> createClustering() {
    double[][] distanceMatrix = new double[][]{
            {0.0, 1.0, 3.0},
            {1.0, 0.0, 4.0},
            {3.0, 4.0, 0.0}
    };
    int noOfClusters = 2;
    // Adapter to load data from an existing array.
    DatabaseConnection dbc = new ArrayAdapterDatabaseConnection(distanceMatrix);
    // Create a database (which may contain multiple relations!)
    Database db = new StaticArrayDatabase(dbc, null);
    // Load the data into the database (do NOT forget to initialize...)
    db.initialize();

    Clustering<?> clustering = new ELKIBuilder<>(CutDendrogramByNumberOfClusters.class) //
            .with(CutDendrogramByNumberOfClusters.Parameterizer.MINCLUSTERS_ID, noOfClusters) //
            .with(AbstractAlgorithm.ALGORITHM_ID, AnderbergHierarchicalClustering.class) //
            .with(AGNES.Parameterizer.LINKAGE_ID, WardLinkage.class)
            .build().run(db);
    return clustering;
}

Answer 1

AGNES 类（我建议改用AnderbergHierarchicalClustering，它速度更快但结果完全相同）以称为“指针层次结构”（PointerHierarchyRepresentationResult）的标准形式返回聚类。 i 和 j 在高度 h 处的合并表示为从 i 到 j 的指针，高度为 h。之后，j 表示合并后的集群。这种基本形式是由 Sibson 等人介绍的。 1973 年的 SLINK 算法。

特别是它包含y 信息（getParentDistanceStore）、合并（由getParentStore 提供），它可以计算顺序来排列可视化点getPositions。

你可能想看看DendrogramVisualization的代码，它负责在GUI中创建SVG树状图。