尝试在自己的数据中运行 SLINK - ELKI

Question

我是新来的，所以是 ELKI。这就是我想要做的事情：

1. 我有一个实例列表MyInstance，其中包含{int xpto; String customer; int another, ...}等数字和分类变量

2. 我需要为整个自定义对象列表运行具有特定距离度量的 SLINKgower

阅读教程和帖子后，我做了以下事情：

1. 我创建了一个数据库连接以将数据加载到数据库中
2. 我创建了自己的自定义数据类型，它实现了FeatureVector，尽管每个实例只有一个对象 - 我自己的自定义对象
3. 我创建了SimpleTypeInformation(MyDataType.class)

我遇到的问题是，当我尝试运行算法时，它会在获取关系时给我一个空指针异常

线程“main”中的异常 java.lang.NullPointerException at de.lmu.ifi.dbs.elki.database.AbstractDatabase.getRelation(AbstractDatabase.java:118) 在 de.lmu.ifi.dbs.elki.algorithm.AbstractAlgorithm.run(AbstractAlgorithm.java:81) 在 main.TestingELKI.main(TestingELKI.java:104)

你能帮忙吗？我现在真的不知道获取数据库关系有什么问题

public class MyDatabaseConnection implements DatabaseConnection {

    private List<MyInstance> m_data;
    private int m_size;

    public MyDatabaseConnection(ArrayList<MyInstance> data, int size) {
        m_data = data;
        m_size = size;
    }

    @Override
    public MultipleObjectsBundle loadData() {
         MultipleObjectsBundle b = new MultipleObjectsBundle();
         int mind = 1;
         int maxd = 1;
         List<MyDataType> vecs = new ArrayList<>(m_size);
         for(int i = 0; i < m_size; i++) {
             vecs.add(new MyDataType(m_data.get(i)));
         }
         SimpleTypeInformation<MyDataType> type = new SimpleTypeInformation(MyDataType.class);
         b.appendColumn(type, vecs);
         return b;
    }
}

public class MyDataType implements FeatureVector {

    MyInstance m_instance;

    public static final MyDataType.Factory FACTORY = new MyDataType.Factory();

    public MyDataType(MyInstance instance) {
        m_instance = instance;
    }

    @Override
    public int getDimensionality() {
        // TODO Auto-generated method stub
        return 1;
    }

    @Override
    public Object getValue(int arg0) {
        // TODO Auto-generated method stub
        if (arg0 == 1) {
            return m_instance;
        } else {
            System.out.println("OOOOPPPPPPPSSSSS!");
            return null;
        }
    }


    public static class Factory implements FeatureVector.Factory {

        @Override
        public ByteBufferSerializer getDefaultSerializer() {
            // TODO Auto-generated method stub
            return null;
        }

        @Override
        public Class getRestrictionClass() {
            // TODO Auto-generated method stub
            return MyDataType.class;
        }

        @Override
        public FeatureVector newFeatureVector(Object arg0, ArrayAdapter arg1) {
            // TODO Auto-generated method stub
            return new MyDataType(new MyInstance("0","0"));
        }
    }
}

MAIN
// create my database connection
        // load data into database  
        DatabaseConnection dbc = new MyDatabaseConnection(data, size);
        Database db = new StaticArrayDatabase(dbc, null);
        db.initialize();

        Relation<FeatureVector> labels = db.getRelation(TypeUtil.ANY);

        // now set the right distance function
        MyDistance dist = new MyDistance();
        SLINK algorithm = new SLINK(dist);

        Result res = algorithm.run(db);

Answer 1

您不需要从FeatureVector 继承。避免装箱 - 这很昂贵 - 直接使用 MyInstance。

您看到的错误很可能是因为您没有正确实现距离函数。

很可能，您的距离函数没有指定正确的输入类型信息？如果你提供输入类型null，那么你会得到一个像这样的NullPointerException。