使用 mcl 和辅助程序进行图形分析答案

【问题标题】：Graph analysis using mcl and helper programs使用 mcl 和辅助程序进行图形分析
【发布时间】：2014-04-01 08:05:24
【问题描述】：

我正在尝试使用 micans.org 处的马尔可夫聚类 (mcl) 算法的实现对数据进行聚类。我在算法的描述中读到，可以将一个元素分配给几个集群。我怎样才能做到这一点？到目前为止，我可以得到具有唯一点分配的集群，

【问题讨论】：

标签： graph data-mining cluster-analysis markov-models mcl

【解决方案1】：

这是可能的。然而，这从来都不是一项经过充分研究的功能，一个问题是目前有多种选择，最重要的是可以使用的 mcl iterand。一种处理方法如下：

mcl MCL-GRAPH-FILE -o foobar -dump dag -dump-interval 1:6 -wself 0.4 -wmax 0.4
clm imac -imx dag-1.foobar -overlap keep -o imac-1.foobar
clm imac -imx dag-2.foobar -overlap keep -o imac-2.foobar
clm imac -imx dag-3.foobar -overlap keep -o imac-3.foobar
clm imac -imx dag-4.foobar -overlap keep -o imac-4.foobar
clm imac -imx dag-5.foobar -overlap keep -o imac-5.foobar

对于具有 150 个节点的（小）图，它会报告以下内容（除了保存结果）：

[clmmate] kept <7> instances of overlap
[clmmate] kept <47> instances of overlap
[clmmate] kept <37> instances of overlap
[clmmate] kept <19> instances of overlap
[clmmate] kept <6> instances of overlap

这表明与 mcl 迭代相关的重叠增加、达到峰值然后再次减少。最好使用“mcl 图形文件”和跟踪标签的单独文件。以http://micans.org/mcl/man/clmprotocols.html#internal 为例。 -wself 和 -wmax 参数指示 mcl 如何将迭代数减少为更稀疏的图。这是被转储的图（带有“dag”前缀）。在示例中，参数非常松散，结果图实际上可能不是是 DAG（有向无环图）。使用默认参数，它应该是一个 DAG。

【讨论】：