python中层次聚类的数据在哪里保存？

Question

我正在对基因表达数据进行层次聚类。我的结果数据形状像树状图。我想将整个树保存在python中的某个数据结构中，并在每个节点中进行一些计算（我认为是递归的）。对于每个节点，我都知道那里的基因和一些额外的信息（GO、p 值等） 你对如何以我可以遍历整个树的方式在 python 中存储这种数据有什么建议吗？ 我的第一个想法是字典列表：

clusters=[{'id': 1, 'cluster': [gen1, gen2,...], 'size': ... , 'ChildIDs': ... , 'ParentID': ... , 'distance': ..., 'score': ...}, {'id': 2, ...}, ... ]

但由于集群是嵌套的，所以我认为存储每个集群的基因效率不高。

如果有人对如何保存此类信息有更好的了解，我将不胜感激：)

Answer 1

没有编写自己的数据结构，collections.defaultdict 可能适合一棵树。见here。