如何在 R 中为 heatmap.2 手动创建树状图矩阵？答案

【问题标题】：How to manually create a dendrogram matrix for heatmap.2 in R?如何在 R 中为 heatmap.2 手动创建树状图矩阵？
【发布时间】：2014-03-19 01:51:46
【问题描述】：

这是我由gplots::heatmap.2创建的热图示例：

df<-data.frame(x1=rnorm(100),x2=rnorm(100,2,3),x3=rnorm(100,10,1),
           y1=rnorm(100,5,1),y2=rnorm(100,20,5),y3=rnorm(100,30,2))
cor<-cor(df)

require(gplots)
heatmap.2(cor,trace="none",col=bluered)#fig1
heatmap.2(cor,Rowv=F,Colv=F,dendrogram="none",trace="none",col=bluered)#fig2

我想在 fig2 中创建一个树状图，其中 X 和 Y 被手动分组在一起，以便我可以将相关图与 fig1 进行比较，其中树状图是使用距离计算的。有人知道怎么做吗？

【问题讨论】：

标签： r cluster-analysis

【解决方案1】：

您可以手动创建一个树状图对象，但对我来说，这个问题让我有点不清楚为什么在图 2 中需要此信息。如果一个将所有 x 和 y 聚集在一起作为单独组的树状图是添加到图 2 中，树状图的分支将相互交叉，使树状图（使用真实的分支长度或高度）不可读。如果添加了使用一些合适高度的树状图，树状图的分支长度没有意义（它们与真实的相关系数不对应），但树状图仍然告诉树的分支顺序。

无论如何，这是技术上的解决方法（另请参阅Aniko's answer 的类似问题，那里提供详细信息）。

一个使用“真实”的 hclust 对象 (a)（我计算得很快，所以它们可能不完全正确，如果需要，请使用具有平均链接的层次聚类算法来检查）分支长度可以通过以下方式生成手：

a<-list()
a$merge<-matrix(c(-1, -2,
                  -4, -5,
                  -3, 1,
                  -6, 2,
                  3, 4), ncol=2, byrow=TRUE)
a$height<-c(0.1, 0.12, 0.12, 0.045, 0.1)
a$order<-1:6
a$labels<-c("x1", "x2", "x3", "y1", "y2", "y3")
class(a)<-"hclust"

或者通过使用一些合适的分支长度来获得树状图：

b<-list()
b$merge<-matrix(c(-1, -2,
                  -4, -5,
                  -3, 1,
                  -6, 2,
                  3, 4), ncol=2, byrow=TRUE)
b$height<-c(0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.2)
b$order<-1:6
b$labels<-c("x1", "x2", "x3", "y1", "y2", "y3")
class(b)<-"hclust"

之后，最终的情节可以生成为：

heatmap.2(cor,Rowv=as.dendrogram(a),Colv=as.dendrogram(a),trace="none",col=bluered)#fig2

或：

heatmap.2(cor,Rowv=as.dendrogram(b),Colv=as.dendrogram(b),trace="none",col=bluered)#fig2

【讨论】：