pheatmap 聚类注释答案

【问题标题】：pheatmap cluster annotationpheatmap 聚类注释
【发布时间】：2023-03-08 09:29:01
【问题描述】：

我正在尝试将基于 k-means 的聚类算法的结果显示为pheatmap。为此，我使用此处建议的程序：R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想添加一个突出集群的配色方案，类似于heatmap 和heatmap.2 中的“RowSideColors”选项。至于pheatmap，我只找到了annotation 选项，但这适用于列而不是行。有没有办法突出显示pheatmap 中的行簇？

我的另一个想法是将簇列添加为热图中的单独颜色。但是，与热图的其余部分相比，我需要使用另一种配色方案，所以我不确定是否可行。

【问题讨论】：

您找到解决方案了吗？我正在寻找完全相同的东西！
@Lilith-Elina 不幸的是我还没有找到解决方案。
太糟糕了。 :-( 我不明白为什么 pheatmap 只注释列！
您可以查看ComplexHeatmap 包。

标签： r heatmap

【解决方案1】：

嗯，你可以直接使用heatmap或heatmap.2，因为pheatmap没有这个参数。其实我也有类似的任务

【讨论】：

这不是一个正确的答案。请考虑提交带有玩具代码的解决方案。

【解决方案2】：

现在pheatmap包里多了一个annotation_row参数：

library(pheatmap)

# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)

【讨论】：