维也纳RNA折叠python安装问题答案

【问题标题】：vienna RNA fold python installation issue维也纳RNA折叠python安装问题
【发布时间】：2016-08-25 21:56:23
【问题描述】：

我在为 vienna RNA 包（找到 here）安装 python 包装器时遇到了一些问题。我以前可以通过将编译的 python 脚本移动到我的 pythonpath 中来安装这个程序的 python 实现（无论我做什么，程序似乎都不想这样做）。但是，这一次我似乎无法得到实现 python 的该死的东西。

以前，我必须使用以下命令进行配置：

./configure --disable-openmp \
            --disable-dependency-tracking \
            CFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -O2" \
            CXXFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -O2"\
            --prefix=/usr/local\
            --with-python

但即使这样，配置后的消息也会说：

##############################################
# Files will be installed in the following  ##
# directories:                              ##
##############################################

  Executables:        /usr/local/bin
  Libraries:          /usr/local/lib
  Header files:       /usr/local/include
  Extra Data:         /usr/local/share
  Man pages:          /usr/local/share/man
  Documentation:      /usr/local/share/doc/ViennaRNA
    (HTML):           /usr/local/share/doc/ViennaRNA/html
    (PDF):            /usr/local/share/doc/ViennaRNA
  Perl5 Interface:    
    (binaries):       /usr/local/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level
    (scripts):        /usr/local/Library/Perl/5.18
  Python2 Interface:  Not to be installed
    (binaries):       
    (scripts):        
  Python3 Interface:  Not to be installed
    (binaries):       
    (scripts):

我继续做了make 和make install。该程序已安装（例如，当我在终端窗口中输入 RNAfold 时我可以启动它），但是我似乎无法在任何地方找到 python 实现。制作完成后，“interfaces”文件夹中有几个文件，分别名为RNA.py和RNA_wrap.cpp（使用SWIG制作）。但是，即使我在该文件夹中启动 python shell 并输入 import RNA

，我似乎也无法运行这些

对不起，我不能再有用了。如果您需要有关此特定情况的更多信息，请告诉我。我正在运行 2011 年末的 macbook pro 和 OSX el-capitan。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： python macos python-2.7 installation

【解决方案1】：

我不知道你是否解决了这个问题，但我想通了。

打开.gz文件夹后，打开终端，然后将工作目录设置为Vienna-2.3.1包的根目录，你应该运行：

./configure --enable-macosx-installer
make
sudo make install

然后运行命令“make check”以查看您运行的任何编译是否失败。

然后，为了让 RNA 模块发挥作用，我首先进入我的 Python IDE，将我的工作目录更改为 interfaces 文件夹中的 Python 文件夹，然后打开一个示例 Python 脚本（来自示例文件夹）。然后，我运行示例脚本，我的 RNA 模块开始工作。

让我知道你是不是这样让它工作的。

编辑：http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#self_packages

如果您向下滚动到提供的链接，它已经为 Mac OS X 编译了二进制包。所以这也可能会有所帮助。

【讨论】：

【解决方案2】：

我刚看到这个帖子。您可能已经弄清楚了，但是您需要做的是在运行 /.configure 时指定要安装的 python 版本。例如在我的例子中，/.configure--with-python3

【讨论】：