皮尔逊相关答案

【问题标题】：pearson correlation皮尔逊相关
【发布时间】：2011-09-13 16:01:46
【问题描述】：

我有一个如下的数据框：

x <- data.frame(Name=c("a", "b","c", "d", "e"),A=(1:5), B=(2:6), C=(7:11), D=c(1,1,1,1,1))

我想得到一个数据框，包括 a vs b、a vs c、a vs d、a vs e、b vs a、b vs c、b vs d、b vs e 的所有 pearson 系数。等（不包括自我比较，即aa、bb等）。

换句话说，我想更改以下数据框

            A   B   C   D
a   1   2   7   1
b   2   3   8   1
c   3   4   9   1
d   4   5   10  1
e   5   6   11  1

到这样的结果数据框

a   b   0.989143436
a   c   0.963282002
a   d   0.93048421
a   e   0.89585579
b   c   0.9922798
b   d   0.974216034
b   e   0.951427811
c   d   0.994675789
c   e   0.982264673
d   e   0.996357429

请指导有效的方法。

编辑

感谢 Michaelv2 的帮助。

根据建议的代码，我发现结果如下：

   X1 X2 value  
1   A  A     1   
2   B  A     1   
3   C  A     1  
4   D  A    NA  
5   A  B     1  
6   B  B     1  
7   C  B     1  
8   D  B    NA  
9   A  C     1  
10  B  C     1  
11  C  C     1  
12  D  C    NA  
13  A  D    NA  
14  B  D    NA  
15  C  D    NA  
16  D  D     1

错误信息是“ 警告信息：在 cor(x[2:5], method = "pearson") 中：标准差为零"

在我看来，我可能误用了代码，您能否进一步指导如何进一步解决这个问题？谢谢。

【问题讨论】：

标签： r pearson

【解决方案1】：

你可以使用类似下面的东西：

require(reshape)

y <- as.data.frame(t(x[2:5]), stringsAsFactors=FALSE)
colnames(y) <- x[[1]]

yrho <- melt(cor(y, method="pearson"))
subset(yrho, yrho$X1 != yrho$X2)

结果：

    X1 X2     value
2   b  a 0.9891434
3   c  a 0.9632820
4   d  a 0.9304842
5   e  a 0.8958558
6   a  b 0.9891434
8   c  b 0.9922798
9   d  b 0.9742160
10  e  b 0.9514278
11  a  c 0.9632820
12  b  c 0.9922798
14  d  c 0.9946758
15  e  c 0.9822647
16  a  d 0.9304842
17  b  d 0.9742160
18  c  d 0.9946758
20  e  d 0.9963574
21  a  e 0.8958558
22  b  e 0.9514278
23  c  e 0.9822647
24  d  e 0.9963574

【讨论】：

好吧，行标签可能是行标签，那么就没有必要省略了。另外，OP 需要行-行相关性，而不是列-列（但单个 t 就可以完成这项工作）。
从技术上讲，我省略了数据框的第一列（字符或因子向量，具体取决于您的设置），而不是行标签，但您对逐行相关性非常正确。感谢您指出这一点。