matplotlib 错误：用户警告：找不到 rc 文件

Question

我有以下非常简单的代码：

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np
import matplotlib.gridspec as gridspec

x = np.random.randn(60) 
y = np.random.randn(60)
z = [np.random.random() for _ in range(60)]

fig = plt.figure()
gs = gridspec.GridSpec(1, 2)

ax0 = plt.subplot(gs[0, 0])
plt.scatter(x, y, s=20)

ax1 = plt.subplot(gs[0, 1])
cm = plt.cm.get_cmap('RdYlBu_r')
plt.scatter(x, y, s=20 ,c=z, cmap=cm, vmin=0, vmax=1)
cbaxes = fig.add_axes([0.6, 0.12, 0.1, 0.02]) 
plt.colorbar(cax=cbaxes, ticks=[0.,1], orientation='horizontal')

fig.tight_layout()

out_png = '/home/user/image_out.png'
plt.savefig(out_png, dpi=150)
plt.close()

如果我在我的机器上运行它，除了警告之外它可以工作：

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/matplotlib/figure.py:1533: UserWarning: This figure includes Axes that are not compatible with tight_layout, so its results might be incorrect.
  warnings.warn("This figure includes Axes that are not "

但是如果我在集群上运行它会退出并出现以下错误：

/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/__init__.py:611: UserWarning: Could not find matplotlibrc; using defaults
  warnings.warn('Could not find matplotlibrc; using defaults')
/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/__init__.py:698: UserWarning: could not find rc file; returning defaults
  warnings.warn(message)
Traceback (most recent call last):
  File "colorbar.py", line 7, in <module>
    import matplotlib.pyplot as plt 
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/pyplot.py", line 23, in <module>
    from matplotlib.figure import Figure, figaspect
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/figure.py", line 18, in <module>
    from axes import Axes, SubplotBase, subplot_class_factory
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axes.py", line 14, in <module>
    import matplotlib.axis as maxis
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/axis.py", line 10, in <module>
    import matplotlib.font_manager as font_manager
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/font_manager.py", line 1325, in <module>
    _rebuild()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/font_manager.py", line 1275, in _rebuild
    fontManager = FontManager()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/font_manager.py", line 962, in __init__
    paths = [os.path.join(rcParams['datapath'], 'fonts', 'ttf'),
  File "/usr/lib/python2.7/posixpath.py", line 77, in join
    elif path == '' or path.endswith('/'):
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'endswith'

发生了什么，我该如何解决？

Answer 1

1. 第一个警告与axes 和subplots 的创建方式有关。 axes 是指定大小创建的，而 subplots 将轴放置在规则网格中。

   所以tight_layout 不能调整axes 的大小，就像subplots 一样，你会收到警告。因此使用axes、subplots 和tight_layout 可能需要对fig.add_axes([0.6, 0.12, 0.1, 0.02]) 进行大量调整

2. 在我看来，您在集群上运行时遇到的错误与 matplotlib 安装的一些问题有关。警告就是这样：matplotlib 在任何standard places 中都找不到任何matplotlibrc 文件，因此它回退到默认（硬编码）参数。然后它期望找到一个参数'datapath'。但是不存在（或错误地定义为None）所以rcParams['datapath'] 返回None。

   然后将参数传递给os.path.join，它需要字符串，而不是NoneType。

   您可以查看getting a matplotlibrc file 并放入您的当前目录或~/.config/matplotlib 是否可以解决您的问题。

   您应该做的另一件事是检查 matplotlib 的版本，以及您运行的版本是否是您认为正在使用的版本

   python -c 'import matplotlib; print(matplotlib.__version__); print(matplotlib.__file__)'
   

ps：我认为你根本不需要gs = gridspec.GridSpec(1, 2)，除非你用轴做一些额外的事情。 如果你这样做，你会得到完全相同的答案

fig = plt.figure(...)
ax0 = fig.add_subplot(121)
ax1 = fig.add_subplot(122)

或

fig, (ax0, ax1) = plt.subplots(nrows=1, ncols=2, ...)