尽管设置 effect.size = 'ges'，rstatix 包 anova_test 函数仍给出部分 eta 平方答案

【问题标题】：rstatix package anova_test function gives partial eta squared despite setting effect.size = 'ges'尽管设置 effect.size = 'ges'，rstatix 包 anova_test 函数仍给出部分 eta 平方
【发布时间】：2021-08-26 15:03:09
【问题描述】：

当我使用rstatix::anova_test 时，我无法获得 eta 平方，只能获得部分 eta 平方。

鸢尾花数据集示例：

首先使用aov：

aov <- aov(Sepal.Length ~ Sepal.Width + Species, data = iris)
summary(aov)
             Df Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)    
Sepal.Width   1   1.41    1.41   7.363 0.00746 ** 
Species       2  72.75   36.38 189.651 < 2e-16 ***
Residuals   146  28.00    0.19

然后使用sjstats::eta_sq，如果我选择partial = TRUE 或FALSE，我会得到不同的效果大小，正如我所期望的那样。

eta_sq(aov, partial = FALSE) 
         term etasq
1 Sepal.Width 0.014
2     Species 0.712

eta_sq(aov, partial = TRUE)
         term partial.etasq
1 Sepal.Width         0.048
2     Species         0.722

但是，当我在 anova_test 中执行相同操作时，无论效果大小是 pes 还是 ges，我都会得到部分 eta 平方，这两次都是部分 eta 平方：

aov_pes <- iris %>% anova_test(Sepal.Length ~ Sepal.Width + Species,
                               detailed = T,
                               effect.size = "pes")
get_anova_table(aov_pes)

       Effect    SSn    SSd DFn DFd       F        p p<.05
1 Sepal.Width 10.953 28.004   1 146  57.102 4.19e-12     *
2     Species 72.752 28.004   2 146 189.651 2.56e-41     *
    pes
1 0.281
2 0.722

aov_ges <- iris %>% anova_test(Sepal.Length ~ Sepal.Width + Species,
                               detailed = T,
                               effect.size = "ges")
get_anova_table(aov_ges)

       Effect    SSn    SSd DFn DFd       F        p p<.05
1 Sepal.Width 10.953 28.004   1 146  57.102 4.19e-12     *
2     Species 72.752 28.004   2 146 189.651 2.56e-41     *
    ges
1 0.281
2 0.722

有谁知道这是为什么？谢谢！

【问题讨论】：

标签： r anova rstatix

【解决方案1】：

回答

rstatix::anova_test 似乎包含计算错误！我会非常非常小心地使用这个功能。

请注意，eta_sq 已弃用，应使用 effectsize::eta_squared。

正确计算

我们有三个 SS 值：1.412238、72.752431 和 28.003665。我们可以计算 pes 和 ges：

pes: 1.412238 / (1.412238 + 28.003665)
ges: 1.412238 / (1.412238 + 72.752431 + 28.003665)

anova_test

在后台，anova_test 调用两个函数进行 pes 和 ges 计算：

佩斯：rstatix:::add_partial_eta_squared
ges: rstatix:::add_generalized_eta_squared

由anova_test计算的pes计算

res.anova.summary$ANOVA %>% mutate(pes = .data$SSn/(.data$SSn + .data$SSd))

这确实按照我们的预期计算了 pes。

由anova_test计算的ges

aov.table <- res.anova.summary$ANOVA
aov.table %>% mutate(ges = .data$SSn/(.data$SSn + sum(unique(.data$SSd)) + obs.SSn1 - obs.SSn2))

在这里，我们遇到了一个问题。这段代码似乎明显不正确。它只是将每个平方和除以自身 + 剩余平方和 (28.004)。那是pes，不是ges。

您可以联系包的维护者 (maintainer("rstatix")) 或为 rstatix 包 here 创建一个新问题。

【讨论】：