如何使用 geom_signif (ggsignif, R) 更改字体和括号大小？答案

【问题标题】：How do you change font and bracket size with geom_signif (ggsignif, R)?如何使用 geom_signif (ggsignif, R) 更改字体和括号大小？
【发布时间】：2020-01-19 01:23:16
【问题描述】：

我正在尝试使用 ggplot2 绘制数据并使用 ggsignif 显示成对统计比较。 ggsignif 注释的字体大小太小，线宽太细。帮助说明 textsize 和 size 参数应分别更改字体大小和括号粗细，但是，这些对我不起作用。我尝试在 theme() 中调整文本大小并设置 base_size。所有其他文本都是响应式的。我正在使用我认为是所有内容的最新版本（R v3.6.1，ggsignif v0.6.0）。

我不确定它是否相关，但我还发现 geom_signif() 放错了注释（例如“*”）但正确放置了比较括号。每当我在一个 geom_signif() 中添加多个比较时，就会发生这种情况。如果我添加多个 geom_signif() 每个都进行单对比较（请参见下面的代码），那么我不会遇到这个问题。即使我只添加一个 geom_signif() 也不会影响 textsize/size 问题。

p = ggplot(population, aes(x=Cluster, y=Cells)) +
  geom_jitter(aes(colour=Sample), position=position_jitterdodge(jitter.width=0.3, dodge.width=0.7), size=1, alpha=0.1) +
  geom_point(data=population.sum, aes(y=Cells, fill=Sample), size=10, position=position_dodge(0.7)) +
  geom_errorbar(data=population.sum, aes(fill=Sample, ymin=CI.Lower, ymax=CI.Upper), width=0.2, size=2, position=position_dodge(0.7)) +
  scale_y_continuous(limits=c(0,1200), expand=c(0, 0)) +
  scale_color_brewer(palette="Paired") +
  theme_classic(base_size = 60) +
  theme(
    legend.justification=c(0, 1),
    legend.position=c(0.01, 1),
    legend.title=element_blank(),
    axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1),
    axis.title.x=element_blank(),
    plot.margin=unit(c(25.5,5.5,5.5,5.5),"pt")
  )

for (i in seq_along(cluster.levels)) # Shouldn't have to add individually?
  p = p + geom_signif(
    stat="identity",
    data=population.sig[i,],
    size=10, # This doesn't work!
    textsize=200, # This doesn't work!
    aes(x=x.start, xend=x.end, y=y, yend=y, annotation=Annotation)
  )

png("Population Scatter Plot.png", 4500, 3000)
p
dev.off()

数据集是：

人口个人数据点。 30k 条记录（每个集群 1k * 样本）。列：

集群（因子）：图表列的组
样本（因子）：图列组中的对中的个体
细胞（int）：绘制的微弱点

population.sum 汇总数据。 30 条记录（每簇 1 条 * 样本）。列：

集群（因子）：同上
样本（因子）：同上
单元格 (int)：绘制的大黑点
CI.Lower (num)：绘制的误差线的下限
CI.Upper (num)：绘制的误差线的上限

population.sig 格式数据用于显着性括号。 15 条记录（每个集群 1 条）。列：

x.start (num): 比较括号的左侧范围
x.end (num): 比较括号的右范围
y (num): 比较括号的垂直位置
注释 (chr)：要注释的文本（“*”或“NS”）

Example graph. The comparison bracket is too faint and the annotation text is too small

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 significance

【解决方案1】：

我还没有解决这个问题，但我已经使用 geom_segment() 和 geom_text() 解决了这个问题（有效地代替了 for 循环）：

p = p +
  geom_segment(data=population.sig, aes(x=x.start, xend=x.end, y=y, yend=y), size=3) +
  geom_text(data=population.sig, aes(x=x.mid, y=y+10, label=Annotation, hjust=0.5, vjust=0), size=20)

【讨论】：

【解决方案2】：

我遇到了同样的问题。奇怪的是，当我在 geom_signif 的 aes() 中移动 textsize 函数时，问题就解决了。

对于您的情况，请尝试以下代码：

    geom_signif(
    stat="identity",
    data=population.sig[i,],
    #size=10, 
    #textsize=200, 
    aes(x=x.start, xend=x.end, y=y, yend=y, annotation=Annotation,size=10,textsize=200)

【讨论】：