如何在 R 中创建随机列联表？答案

【问题标题】：How do I create a random contingency table in R?如何在 R 中创建随机列联表？
【发布时间】：2011-10-20 07:51:21
【问题描述】：

我想创建随机的双向列联表，给定固定的行和列边距。假设我有一张这样的桌子：

      A   C   G   T
  A  79   6  13  53
  C  16   7   6  17
  G   9   3   1   6
  T  58  28  18 114

具有给定的行边距：

  A   C   G   T 
151  46  19 218

和列边距：

  A   C   G   T 
162  44  38 190

我想创建一个随机列联表，例如：

   A  C  G  T
A 49 16 10 76
C 23  2  6 15
G 11  0  1  7
T 79 26 21 92

保留那些边缘。

由于在这种情况下 n 不是太大，我试图通过“取消”边缘向量来解决这个问题，即将边缘转换为形式的向量

A A A ...C C C ... G G G ... T T T

然后对它们进行排列和表格化。

我目前用于“取消”边缘的方法非常不自然且效率低下，我很想知道是否有更好的方法。某些内置函数必须创建随机列联表，例如当simulate.p.value=TRUE 时的chisq.test。是否还内置了随机列联表构造？

提前感谢您的任何建议。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我并不完全确定你的意思是'解开'，而且由于你实际上没有指定你当前使用的方法，我无法确定这不是你目前正在做的事情。

但给出了@ 987654321的边缘，@你可以通过这样做'重新创建'矢量：

rep(c('A','C','G','T'),times = c(162, 44, 38, 190))

然后根据需要释义它。

【讨论】：

【解决方案2】：

对不起，@joran 的回答不正确。他的公式正确地模拟了具有正确列总计的表格，但 OP 要求进行同时考虑行总计和列总计的模拟。 1981 年，W.M. 给出了解决方案。佩特菲尔德。 算法 AS159。一种在给定行和列总计的情况下生成 r x c 表的有效方法。应用统计，30. 91-97。

Patefield 算法在 Base R 函数 r2dtable() 中实现。

【讨论】：

暗示你会将 joran 的方法应用于列和行。
@Dason - 但这不起作用，因为当您修复行时，您会取消修复列。
我认为我们正在以不同的方式可视化这一点。该表是通过基于两个向量制作一个表来创建的。您可以仅使用向量来计算边际 - 以获取您查看向量中配对的表格。你是这么想的吗？