从R中更大的列联表派生列联表答案

【问题标题】：Deriving contingency table from a bigger contingency table in R从R中更大的列联表派生列联表
【发布时间】：2014-09-30 07:21:16
【问题描述】：

我有一个用python语言制作的csv格式列联表，像这样：

            case  control
disease_A    20    30 
disease_B    35    45
disease_C    42    52
disease_D    52    62

现在我想从这个列联表中导出 2x2 列联表，以使用 R 计算卡方值

我怎样才能从上面的列联表中导出一个如下所示的 2x2 表：

            case  control
disease_A    20    30 
disease_D    52    62

这可能是一个新手问题，但我是 R 新手，我在其他任何地方都找不到解决方案

【问题讨论】：

标签： r contingency

【解决方案1】：

这是一种方法。

数据：

txt <-  "           case  control
disease_A    20    30 
disease_B    35    45
disease_C    42    52
disease_D    52    62"

读取数据：

dat <- read.table(textConnection(txt))
#           case control
# disease_A   20      30
# disease_B   35      45
# disease_C   42      52
# disease_D   52      62

提取行的子集：

dat2 <- dat[rownames(dat) %in% c("disease_A", "disease_D"), ]
#           case control 
# disease_A   20      30
# disease_D   52      62

【讨论】：

感谢您的回答，您能解释一下为什么末尾有逗号吗？我试过没有它，它没有用！
@user3015703 如果您在数据框中使用不带逗号的函数[，它将返回指定的列。如果使用逗号，[ 的两个参数是行和列。例如，dat[1:3, 2:5] 将返回第 2 到第 5 列的前三行。

【解决方案2】：

如果M 属于table 类

M <- structure(c(20, 35, 42, 52, 30, 45, 52, 62), .Dim = c(4L, 2L), .Dimnames = list(
c("disease_A", "disease_B", "disease_C", "disease_D"), c("case", 
"control")), class = "table")



xtabs(Freq~Var1+Var2,data= subset(as.data.frame(M,stringsAsFactors=F),
                   Var1%in% c("disease_A", "disease_D")))
           Var2
 Var1        case control
  disease_A   20      30
  disease_D   52      62

如果M 是data.frame

 M <- structure(list(case = c(20L, 35L, 42L, 52L), control = c(30L, 
 45L, 52L, 62L)), .Names = c("case", "control"), class = "data.frame", row.names =   c("disease_A", 
 "disease_B", "disease_C", "disease_D"))

 as.table(as.matrix(M[grep("A|D", rownames(M)),]))

【讨论】：