从 nls 实现收敛容差（和其他输出）答案

【问题标题】：achieved convergence tolerance (and other outputs) from nls从 nls 实现收敛容差（和其他输出）
【发布时间】：2016-01-25 18:16:06
【问题描述】：

所以，我使用 nls() 在 R 中进行非线性回归。

我现在有一些代码可以为我完成它并且我得到了正确的输出（呸！）。我可以使用

这是我运行 summary(Power.model) 时得到的结果

Formula: Power.mean ~ a + (b * (Power.rep^-c))

Parameters:
  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
a 1240.197      4.075 304.358   <2e-16 ***
b   10.400     14.550   0.715    0.490    
c    6.829    230.336   0.030    0.977    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 13.97 on 11 degrees of freedom

Number of iterations to convergence: 17 
Achieved convergence tolerance: 4.011e-06

我可以获得估计值并计算残差平方和，但我真的很想存储 std.error、t 值、残差 std 误差、迭代次数和（最重要的是）实现的收敛容差桌子也是。

我知道我可以使用 capture.output(summary(Power.model)) 来捕获这些，但我最终会得到一堆字符串。我真正想要的是只捕获数字（理想情况下是数字），而不需要（a）所有额外内容（例如，字符串“实现收敛容差：”）和（b）而不必将字符串转换为常规（单个/ double) 数字（例如，将 4.011e-06 转换为 0.000004011）。

我似乎找不到可以在我的 nls 输出上运行的所有函数的列表。到目前为止，我发现的只有 coeff() 和 resid()。一个列表将是理想的，但对于访问摘要中的数据而不诉诸于 capture.output() 以及不可避免地遵循的字符串编辑/转换的任何其他建议将非常感激。

【问题讨论】：

标签： r nls

【解决方案1】：

coef(summary(Power.model)) 将给出一个包含其中一些项目的矩阵，Power.model$convInfo 将给出一个列表，其组件包含其他这些项目。残差平方和可以使用deviance(Power.model)得到。

methods(class = "nls") 将给出作用于"nls" 对象的函数列表，str(Power.model) 和str(summary(Power.model)) 将显示"nls" 和"summary.nls" 对象的内部组件。

例如使用内置的BOD数据框：

> fm <- nls(demand ~ a + b * Time, BOD, start = list(a = 1, b = 1))
> coef(summary(fm))
  Estimate Std. Error  t value   Pr(>|t|)
a 8.521429  2.6589490 3.204811 0.03275033
b 1.721429  0.6386589 2.695380 0.05435392
> fm$convInfo
$isConv
[1] TRUE

$finIter
[1] 1

$finTol
[1] 3.966571e-09

$stopCode
[1] 0

$stopMessage
[1] "converged"

> deviance(fm)
[1] 38.06929

> sum(resid(fm)^2) # same
[1] 38.06929

您可能还对 broom 包感兴趣，它将提供nls 输出的数据框表示，如下所示：

> library(broom)
> tidy(fm)
  term estimate std.error statistic    p.value
1    a 8.521429 2.6589490  3.204811 0.03275033
2    b 1.721429 0.6386589  2.695380 0.05435392

> glance(fm)
     sigma isConv       finTol    logLik      AIC      BIC deviance df.residual
1 3.085016   TRUE 3.966571e-09 -14.05658 34.11315 33.48843 38.06929           4

【讨论】：

【解决方案2】：

使用names(Power.model)，它将返回对象的名称，您也可以使用names(Power.model$...)，加上... Power.model 的名称之一。例如，Power.model$convInfo$finTol 返回实现的收敛容差。

如果您使用的是 RStudio，您可以单击 Environment 窗口中 Power.model 附近的箭头，它将显示 Power.model 的所有名称及其值，以便您选择正确的名称。

【讨论】：