在 ggplot2 (facet_grid) 中显示多个子集的回归斜率

Question

致我的程序员伙伴们，

我一直在网上搜索这个问题的答案，我完全被难住了。

很简单，我试图在我的 ggplot2 图上显示斜率 (y=mx+b) 和 R 平方值（使用 RStudio）。

在我的实验中，我测量了细菌对不同培养基成分（食物来源）的反应。因此，在一个图中，我有许多面板（或子集），每个面板都有不同的 R^2 和斜率。在这个例子中，我有 6 个不同的子集，它们都有完全相同的轴。

为此，我创建了一个“MasterTable”

MasterTable <- inner_join(LongRFU, LongOD, by= c("Time.h", "Well", "Conc.nM", "Assay"))

我的所有原始值都采用长表格式（子集称为 Assay）。

然后我创建了第二个表，它只显示 6 个子集的 R 平方值：

确定每个子集的相关性

Correlation <- ddply(MasterTable, .(Assay), summarise, cor = round(cor(maxRFU, Conc.nM), 3))
Correlation$Rsquared <- (Correlation$cor)^2
Correlation$Rsquared <- round(Correlation$Rsquared,3)

使用这个命令，我已经设法在我的图的所有子集中显示 R^2（下面的 ggplot 命令）。

计算回归的斜率和截距：

slope <- dlply(MasterTable, .(Assay), lm, formula = (maxRFU ~ Conc.nM))
m <- lm(MasterTable$Conc.nM ~ MasterTable$maxRFU)
a <- signif(coef(m)[1], digits = 2)
b <- signif(coef(m)[2], digits = 2)
textlab <- paste("y = ",b,"x + ",a, sep="")
print(textlab[1])

创建 ggplot

ggplot(data=MasterTable, aes(x=Conc.nM, y=maxRFU)) + 
    geom_point(shape = 21, size = 2, colour = "black", fill = "#606060") + 
    geom_smooth(method = "lm", colour = "#001170", se=TRUE) + 
    geom_text(data=Correlation, 
            aes(label=paste("R^2=", " ", Rsquared, sep="")), x=200, y=550) + 
    annotate("text", x = 200, y = 500, label = textlab, color="black", 
              size = 5, parse=FALSE) + 
    geom_errorbar(aes(ymin=maxRFU-sdRFU, ymax=maxRFU+sdRFU), width=.05, 
                  colour="#4b4b4b", linetype = "solid", size = 0.1) +
    theme(panel.background = element_rect(fill="white", 
          linetype = "solid", colour = "black"), 
          legend.key = element_rect(fill = "white"), 
          panel.grid.minor = element_blank(), panel.grid.major = element_blank()) + 
    facet_grid(. ~ Assay) + 
    labs(title="Calibration curves", y="Max RFU", 
         x="As(III) concentration (nM)")

StackOverflow 不允许我发布图片...所以我已将其上传到我的盒子帐户：

Calibration curves

现在你明白我的问题了吗？

所有子集都显示完全相同的斜率。我似乎无法找到解决此问题的方法，非常感谢您在此问题上的帮助。

我还有一个额外的问题。这是一个愚蠢的问题，但如果有人知道如何解决它，那就太棒了。我真的很想在下标中显示 R^2 值，就像在这个链接中显示的那样： Subscript in ggplot

哦，最后一个额外问题：我似乎无法在错误栏上设置“上限”...

再次感谢您对此事的所有帮助，

马蒂

Answer 1

eipi 已经找到了答案。我对我的代码做了一些修改，它现在可以工作了。

Intercept <- ddply(MasterTable, .(Assay),function(x) coefficients(lm(maxRFU~Conc.nM,x)))
names (Intercept) <- c("Assay", "Intercept", "Slope")
Intercept$Intercept <- round(Intercept$Intercept,0)
Intercept$Slope <- round(Intercept$Slope,3)

ddply 行添加了一个如下所示的表格：

                Assay   Intercept    Slope
1               B-GMM    601.2766  0.3758356
2       B-GMM + As(V)   1271.3436 -0.5405553
3 B-GMM + As(V) + PO4    699.9420  0.8970737
4         B-GMM + PO4    720.5684  1.0486098
5                 GMM    749.9787  1.9294352
6         GMM + As(V)    768.1253  1.4962517

然后，在 ggplot 中，我添加了以下行：

geom_text(data=Intercept, aes(label=paste("y = ",Slope,"x + ",Intercept, sep="")), x=200, y=500)

就这么简单。

再次感谢！