需要帮助在 R 中的 lineplot.CI 函数中使用子集

Question

我是一名统计学家，也是一名 R 新手，正在学习很多关于使用 RStudio 的知识。我有一个导入的数据框，其中包含长格式的数据，用于纵向平衡研究设计的混合效应方差分析。我的数据有以下标题：治疗、主题、日期、年龄和数量。我可以使用以下代码单独按年龄组或单独按治疗组进行绘图：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD, mri$Age,main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

我想使用 lineplot.CI 绘制 x 轴上的日期，4 行：2 年治疗、6 年治疗、2 年对照和 6 年对照。此代码仅按年龄组生成折线图：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset=mri$Treatment %in% c("MSC","Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences", xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

此代码给出与上述代码相同的线图：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset= .(mri$Treatment == "MSC" | mri$Treament == "Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

我也尝试过这段代码的各种版本：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset(mri,Treatment == "MSC"|Treatment =="Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

或

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset(mri, !(Treatment == "MSC"|Treatment == "Control")),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

并得到以下错误：

Error in subset.default(mri$Treatment == "MSC" | mri$Treament == "Control") : 

参数“子集”丢失，没有默认值

Error in match.arg(type) : 'arg' must be NULL or a character vector

我知道子集包含在 lineplot.CI 中的 sciplot 包文档，但我看到的所有示例都显示子集=NULL。我宁愿继续使用 lineplot.CI，因为会自动插入误差线，而且我不熟悉 ggplot2。

谢谢

Answer 1

你可以使用：

lineplot.CI(xField, yField, group=gField, data=subset(dataSource, 
                                               field1=="value1" | field2=="value2"))

问题的作者尝试使用带有参数“子集”的 lineplot.CI 命令。取而代之的是，可以将参数“data”与子集的值一起使用。

所以，而不是使用

lineplot.CI (..., subset=(datasource, select expression), ...)

这个想法是使用：

lineplot.CI(..., data=subset(datasource, select expression), ...)

这种替代方式对我有用。

Answer 2

我遇到了同样的问题...经过一些研究后，我发现lineplot.CI documentation 不仅缺少很多有用的信息，而且还提供了一些功能，就好像它们是其中的一部分一样，当那些是 外部的方法 实际上，可以与 lineplot.CI 结合 以达到特定的结果。 subset 是 R 环境的基础函数，因此它不依赖于 lineplot.CI。 This link 提供了有关它的更多信息，但可以在 R 包中提供的离线文档中找到更好/更深入的描述。在你的 R 命令行类型上

help(subset)

您会看到将其应用于数据帧的有趣方式。

将您新创建的子集分配给 lineplot.CI 的 data 参数，您将获得所需的结果。例如（根据您的数据）：

df <- subset(
        mri, 
        Treatment %in% c("MSC", "Control"), 
        select = c( Treatment, Subject, Date, Age, Volume )
      )
lineplot.CI(
   data = df,
   x.factor = Date, 
   response = Les.V.PD,
   group = Age,
   main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",
   xlab="MRI timepoints (months post treatment)", 
   ylab="Lesion Volume(cm^3)"
)