在 ndimage.find_object ... 颜色特征之后如何？答案

【问题标题】：how after ndimage.find_object ... color features?在 ndimage.find_object ... 颜色特征之后如何？
【发布时间】：2012-06-27 05:16:12
【问题描述】：

我有一张大图，标签后有大约 500 个特征。我知道如何使用 find_object 将它们放入切片中，但我想为它们着色，以便查看结果。对此有什么快速建议吗？

【问题讨论】：

标签： python image-processing scipy

【解决方案1】：

你可以像这样使用 matplotlib：

import scipy
from scipy import ndimage
import matplotlib.pyplot as plt

im = scipy.misc.imread('all_blobs.png',flatten=1)
im, number_of_objects = ndimage.label(im)
blobs = ndimage.find_objects(im)

plt.imsave('blobs.png', im)
for i,j in enumerate(blobs):
    plt.imsave('blob'+str(i)+'.png',im[j])

原图：

标记图像：

包含 blob 的切片：

【讨论】：

有什么简单的方法可以得到这些 blob 的边界吗？例如，如果我想从这些图像中去除所有深蓝色怎么办？我的情况不涉及图像，但从概念上讲，我想要 find_objects 返回的每个“对象”的轮廓坐标。
另外，您知道如何将包含斑点的切片重新绘制到原始图像上吗？也许只是围绕它们的方形轮廓？
看看 pymorph (pm) 可以做如下叠加：display = pm.overlay(dapi,green=cont) subplot(111) imshow(display)