MATLAB spy 的 scipy 等效项答案

【问题标题】：scipy equivalent for MATLAB spyMATLAB spy 的 scipy 等效项
【发布时间】：2013-09-10 04:55:40
【问题描述】：

我一直在将 isomap 算法的代码从 MATLAB 移植到 Python。我正在尝试使用 spy 函数来可视化稀疏模式。

MATLAB 命令：

spy(sparse(A));
drawnow;

Python 命令：

matplotlib.pyplot.spy(scipy.sparse.csr_matrix(A))
plt.show()

我无法使用上述命令在 Python 中重现 MATLAB 结果。以非稀疏格式仅使用带有 A 的命令给出了与 MATLAB 非常相似的结果。但这需要很长时间（A 是 2000 到 2000 年）。 scipy 的稀疏函数的 MATLAB 等价物是什么？

【问题讨论】：

标签： python matlab scipy

【解决方案1】：

我刚刚发布了betterspy，可以说它在这里做得更好。安装

pip install betterspy

并运行

import betterspy
from scipy import sparse

A = sparse.rand(20, 20, density=0.1)
betterspy.show(A)
betterspy.write_png("out.png", A)

【讨论】：

看起来是 matplotlib 的一个很好的补充。是否可以使用轴属性，例如ax.set_xticklabels(...) 用于betterspy.show()？顺便说一句，干得好。
只需使用betterspy.plot(A)，在gca() 上设置任何你想要的，然后pyplot.show() 图像。
哦，博伊，就像一个魅力。在自述文件上没有看到该方法。我建议和改进文档。谢谢。 @Nitin 这应该是公认的答案。这里有一个简单的例子：import matplotlib.pyplot as plt, betterspy as bspy, scipy.sparse as sps; A=sps.rand(5,5, density=.4); bspy.plot(A); ax=plt.gca(); ax.set_xticklabels(['','a','b','c','d','e']); plt.show()

【解决方案2】：

也许是你的matplotlib 版本惹了麻烦，至于我的scipy.sparse 和matplotlib.pylab 配合得很好。

请参阅下面生成附加的“间谍”图的示例代码。

import matplotlib.pylab as plt
import scipy.sparse as sps
A = sps.rand(10000,10000, density=0.00001)
M = sps.csr_matrix(A)
plt.spy(M)
plt.show()

# Returns here '1.3.0'
matplotlib.__version__

这给出了这个情节：

【讨论】：

谢谢。我发现错误出现在我在 Python 中创建 A 矩阵的代码中。一个快速问题。产生的蓝色方块是非零，对吗？

【解决方案3】：

使用较小的标记：

import matplotlib.pylab as pl
import scipy.sparse as sps
import scipy.io
import sys
A=scipy.io.mmread(sys.argv[1])
pl.spy(A,precision=0.01, markersize=1)
pl.show()

【讨论】：