无法对 R 中的数据框应用 t 检验答案

【问题标题】：Can't apply t-test for data frame in R无法对 R 中的数据框应用 t 检验
【发布时间】：2021-05-21 05:58:39
【问题描述】：

我倾向于对数据框中的每一行（即微阵列数据）应用 t 检验，并通过以下代码比较 2:13 和 14:67 列：

t_test = apply(Df, 1, function(x) { t.test(x[2:13], x[14:67])$p.value } )

但是，我收到了这个错误：

if (stderr

我通过以下代码检查了有关这些问题的一些建议（似乎很多人也遇到了这个问题）是否有任何值丢失/非数字：

TRUE %in% is.character(Data_rma[2:13])  TRUE %in% is.character(Data_rma[14:67])
TRUE %in% is.na(Data_rma[2:13])  TRUE %in% is.na(Data_rma[14:67])

什么都没有，所有的值都是数字。我不知道我的问题是什么问题。

非常感谢！

我已将我的数据框上传到云端硬盘，您可以尝试一下。 https://drive.google.com/file/d/1FE81HYaSTo7rEPG-qb-mdknPcpvebsWT/view?usp=sharing

My Data Frame likes this

【问题讨论】：

标签： r dataframe apply t-test

【解决方案1】：

这是一个错误，因为当您按行 apply 时，您将获得具有 3 列 "character" 类的向量，因此将所有数字强制转换为字符。然后，在字符变量上运行 t 检验会失败。

正确的方法是首先确定哪些是数字列，然后将测试应用于原始数据的子集。

num_cols <- which(sapply(Data_rma, is.numeric))
i1 <- which(num_cols %in% 2:13)
i2 <- which(num_cols %in% 14:67)

t_test <- apply(Data_rma[num_cols], 1, function(x) {
  tryCatch(t.test(x[i1], x[i2])$p.value,
           error = function(e) e
  )
})

ok <- !sapply(t_test, inherits, "error")
all(ok)
#[1] TRUE

数据读取代码

google_id <- "1FE81HYaSTo7rEPG-qb-mdknPcpvebsWT"
google_file <- sprintf("https://docs.google.com/uc?id=%s&export=download", google_id)
Data_rma <- read.csv(google_file)

【讨论】：