TCGABiolinks 错误：名称（y）<- 1：长度（y）中的错误：“名称”属性 [2] 必须与向量 [0] 的长度相同

【问题标题】：TCGABiolinks error: Error in names(y) <- 1:length(y) : 'names' attribute [2] must be the same length as the vector [0]TCGABiolinks 错误：名称（y）<- 1：长度（y）中的错误：“名称”属性 [2] 必须与向量 [0] 的长度相同
【发布时间】：2018-01-20 14:46:24
【问题描述】：

关于在 TCGABiolinks 中运行标准化步骤时为什么会出现错误的任何建议？

【问题讨论】：

您的某些数据似乎为空。
不是空的，分析ht-counts数据的bioconductor代码有缺陷。

标签： r normalization bioinformatics bioconductor

【解决方案1】：

对我来说，原因是我首先提供了错误的geneInfo 数据。在我的数据集中，我有 geneInfo 数据集中未使用的 Ensemble ID（只需在 R 中输入“geneInfo”，您就会看到带有基因 ID 的表格）。

但是，TCGAbiolinks 提供了用于 HTSeq-Counts 的 geneInfoHT 数据集——它对我有用。我的最终命令如下所示：

dataNorm <- TCGAanalyze_Normalization(tabDF = data1, geneInfoHT)

【讨论】：