如何在R中绘制高斯图模型答案

【问题标题】：How to draw the Gaussian graphical model in R如何在R中绘制高斯图模型
【发布时间】：2012-04-30 13:31:11
【问题描述】：

我已经得到了相关系数矩阵R，和偏相关系数矩阵Rp，那么如何在R中绘制高斯图模型呢？

如果推荐一些关于高斯图模型的书籍介绍就更好了，确实不知道是什么，但我首先要做的就是把它画出来。非常感谢！

#the Correlation coefficient matrix
R=c(1,0.55,0.55,0.41,0.39,0.55,1,0.61,0.49,0.44,0.55,0.61,1,0.71,
0.66,0.41,0.49,0.71,1,0.61,0.39,0.44,0.66,0.61,1)
dim(R)=c(5,5)

#the Partial correlation coefficient matrix
library("corpcor") 
Rp=cor2pcor(R)

那我怎么才能画出高斯图模型呢？

【问题讨论】：

标签： r model correlation gaussian

【解决方案1】：

我不熟悉“高斯图形模型”这个术语，尽管我觉得我应该熟悉（我会继续阅读，谢谢）。

但是要可视化（部分）相关矩阵，您可以使用 qgraph 包，它就是为此而设计的。例如：

library("qgraph")
qgraph(round(Rp,5),edge.labels=TRUE)

使用graph 参数内置计算偏相关：

qgraph(round(R,5),edge.labels=TRUE,graph="concentration")

给出相同的结果。

【讨论】：

我未能获得包“qgraph”：library.dynam(lib, package, package.lib) 中的错误：您需要 DLL'plyr'
通过 CRAN 安装应该也会自动安装 plyr。 install.packages("qgraph",dep=TRUE)。确保您的 R 版本是最新的 (2.15)。

【解决方案2】：

如果要绘制对应的图形，可以使用igraph包。

library(igraph)
g <- graph.adjacency( abs(Rp)>.1, mode="undirected", diag=FALSE )
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold)

【讨论】：

否则你将永远有一个完整的图表，这是相当缺乏信息的。或者，当相关性较低时，可以使用较暗的颜色，如 Sacha 的回答。