【问题标题】:Is it possible to use CUDA in order to compute the frequency of elements inside a sorted array efficiently?是否可以使用 CUDA 来有效地计算排序数组中元素的频率?
【发布时间】:2013-04-01 15:05:10
【问题描述】:

我对 Cuda 很陌生,我已经阅读了书籍中的几章并在线阅读了很多教程。我自己实现了向量加法和乘法。

我想更进一步,假设我们要实现一个函数,该函数将一个排序后的整数数组作为输入。

我们的目标是找出数组中每个整数的频率。

我们可以依次扫描数组一次以产生输出。时间复杂度为O(n)

由于组不同,我想肯定可以利用 CUDA。

假设这是数组

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   3
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为了实现完全并行,每个线程都必须准确地知道它必须扫描数组的哪一部分才能找到总和。这只有在我们使用另一个名为 int dataPosPerThread[] 的数组时才能实现,对于每个线程 id,dataPosPerThread[threadId] 的值将是初始数组上的起始位置。所以,这意味着每个线程都知道从哪里开始和在哪里结束。

但是通过这种方式我们不会得到任何东西,因为我们需要O(n) 时间才能找到职位。最终总成本为O(n) + cost_to_transfer_the_data_to_the_gpu + O(c) + cost_to_transfer_the_results_to_the_gpu 其中O(c) 是线程找到最终输出所需的恒定时间,当然假设我们在初始数组中有许多不同的整数。

我想避免额外的O(n) 费用。

到目前为止我的想法是,拥有一个大小为arraySize 的数组,我们指定将使用的线程总数,比如说totalAmountOfThreads,这意味着每个线程都必须扫描totalAmountOfThreads/arraySize价值观。

第一个线程(id 0)将从位置 0 开始扫描,直到位置 totalAmountOfThreads/arraySize

第二个线程将从totalAmountOfThreads/arraySize + 1 开始,依此类推。

问题在于,尽管某些线程可能正在使用不同的整数组,或者使用具有更多值的组正在被其他线程处理。例如在上面的例子中,如果我们假设我们将有 6 个线程,每个线程将获取数组的 2 个整数,所以我们将有这样的东西:

   1     <-------- thread 0
   1
   1     <-------- thread 1
   1
   2     <-------- thread 2
   2
   3     <-------- thread 3
   3
   5     <-------- thread 4
   5
   6     <-------- thread 5
   7

正如您所见,线程 0 只有 1 值,但是线程 2 正在处理其他 1 值。为了实现并行性,这些线程必须处理不相关的数据。假设我们将使用此逻辑,每个线程将计算以下结果:

   thread 0 => {value=1, total=2}
   thread 1 => {value=1, total=2}
   thread 2 => {value=2, total=2}
   thread 3 => {value=3, total=2}
   thread 4 => {value=5, total=2}
   thread 5 => {{value=6, total=1}, {value=7, total=1}}

有了这个结果可以进一步实现什么?有人可能会建议使用额外的 hash_map,例如 unordered_map,它可以有效地为单个线程计算的每个值更新总变量。不过

  1. cuda 编译器不支持Unordered_map

  2. 这意味着线程将无法利用共享内存,因为来自不同块的两个线程可能使用相同的值,因此哈希映射必须位于全局内存中。

  3. 即使上述两个没有问题,在更新哈希映射时,我们仍然会在线程之间出现竞争条件。

解决这个问题的好方法是什么?

提前谢谢你

【问题讨论】:

  • 对于无序数据甚至可以高效完成:moderngpu.com/sort/hist.html
  • 代码看起来有点混乱,但我会研究它,但是我们是否可以利用数组已排序的事实以更简单的方式产生结果?

标签: c++ cuda frequency gpu sorted


【解决方案1】:

正如@tera 已经指出的那样,您所描述的是直方图。

您可能对thrust histogram sample code 感兴趣。如果我们以dense_histogram() 例程为例,您会注意到第一步是对数据进行排序。

所以,是的,您的数据已排序这一事实将为您节省一个步骤。

简而言之,我们是:

  1. 对数据进行排序
  2. 标记数据中不同元素的边界
  3. 计算边界之间的距离。

如示例代码所示,thrust 可以在单个函数中完成上述每个步骤。由于您的数据已排序,因此您可以有效地跳过第一步。

【讨论】:

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