R - data.table 将作为行的最小值的列的名称作为值分配给新列

Question

感谢你们提出优雅的解决方案！两种解决方案都适用于我，但只有 melt() 和反向连接解决方​​案适用于带有日期而不是数值的 data.table。

编辑

我通过融合并结合 Wimpel 获得的结果实现了提议的 data.table 解决方案，因为他/她的解决方案也适用于存储在日期列中的日期，而不是最初的玩具数据都是整数值。

我更喜欢 Peace Wang 解决方案的可读性，尽管使用 data.table assignments 和 IMO，它的语法比 melt() 解决方案更清晰，但是（至少对我而言），它不起作用带有日期类型的列。

对数值/整数数据的两种解决方案进行基准测试，发现melt() 解决方案显然是赢家。

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编辑 2 如果我实施 Peace Wang 提出的解决方案，要通过转换来复制 NA 值，请参阅下面的输入 data.table 的更正版本。

我有这样的东西： 将在不同日期进行的测量的患者记录列表成像。日期列的名称可能是“2020-12-15”/“2021-01-15”等。

 ID   Date_1       Date_2      Date_3   
  1   1990-01-01   1990-02-01  1990-03-01      
  2   1990-01-01   1990-02-01  1990-03-01       
  3   1990-01-01   1982-02-01  1990-03-01 

我已经确定了 data.table dt 中每一行的最小值，如下所示：

dt <- dt[, Min := do.call(pmin, c(.SD, list(na.rm = TRUE))), .SDcols = -(1)]

到目前为止一切顺利。现在我想添加一个新的 col Min_Date 说明每行找到的最小值的相应 col 名称（在我的示例中为日期），以最终得到这样的结果：

  ID   Date_1       Date_2      Date_3        Min        Min_Date
  1    1990-01-01   1990-02-01  1990-03-01   1990-01-01  Date_1
  2    1990-01-01   1990-02-01  1990-03-01   1990-01-01  Date_1
  3    1990-01-01   1982-02-01  1990-03-01   1982-02-01  Date_2

我尝试了以下变化：

dt <- dt[, Min_Date := do.call(which.pmin, c(.SD, list(na.rm = TRUE))),
                           .SDcols = (2:4)]

然后尝试用 col 索引做某事。还不知道我在.I 周围的方式，但是当我在这些方面使用时我无法让它工作：

exclusions.dt[exclusions.dt[, .I[which.min(.SD)], ISSUE_ID, .SDcols = (2:6)]$V1]

不胜感激！

Answer 1

这是另一个data.table 方法

#sample data
library( data.table )
DT <- fread("ID   Date_1   Date_2   Date_3   
  1    100      200      300      
  2    100      500      300      
  3    200      150      400    ")

#melt to long format and get rows with minimum value by ID
DT.min <- melt( DT, id.vars = "ID" )[ , .SD[ which.min(value) ], by = ID]
#    ID variable value
# 1:  1   Date_1   100
# 2:  2   Date_1   100
# 3:  3   Date_2   150

#join back to DT
DT[ DT.min, `:=`( Min = i.value, Min_Date = i.variable ), on = .(ID)][]
#    ID Date_1 Date_2 Date_3 Min Min_Date
# 1:  1    100    200    300 100   Date_1
# 2:  2    100    500    300 100   Date_1
# 3:  3    200    150    400 150   Date_2

Answer 2

下面的代码可以工作。

dt <- fread("
             ID   Date_1   Date_2   Date_3
  1    100      200      300
  2    100      500      300
  3    200      150      400
")
dt[, `:=`(Min = do.call(pmin, c(.SD, list(na.rm = TRUE))),
          date_min = colnames(.SD)[apply(.SD, 1, which.min)]
         ), 
   .SDcols = -1]

如果您收到NAs 警告，也许您可​​以尝试先刷新dt。